Элементы Элементы большой науки

Поставить закладку

Напишите нам

Карта сайта

Содержание
Энциклопедия
Новости науки
LHC
Картинка дня
Библиотека
Видеотека
Книжный клуб
Задачи
Масштабы: времена
Детские вопросы
Плакаты
Научный календарь
Наука и право
ЖОБ
Наука в Рунете

Поиск

Подпишитесь на «Элементы»



ВКонтакте
в Твиттере
в Фейсбуке
на Youtube
в Instagram



Библиотека

 
Дж. Уэбб
«Ничто». Глава из книги


В. Мацарский
Леметр против Пифагора


Интервью О. Орловой с М. Труниным
Михаил Трунин: «Хорошее физическое образование — фундамент технологической культуры страны»


Д. Эверетт
«Не спи — кругом змеи!». Глава из книги


С. Агаханов
Логика логики


Т. Авсиевич
Примитив не приговор, или Physarum polycephalum разумный


Ю. Грановский
Загадка галактических масштабов


М. Тегмарк
«Наша математическая Вселенная». Глава из книги


Н. Резник
Неоднозначность стоп-кодонов


Интервью М. Гельфанда с В. Васильевым
Академик Виктор Васильев: «Если потратишь жизнь на математику, то ты ее не зря прожил»







Главная / Новости науки версия для печати

Самосборкой получены структуры из 144 молекулярных компонентов


<b>Рис 1.</b> Расшифрованная рентгено-кристаллографией молекулярная структура многогранника, полученного самосборкой из 144 молекул

Рис 1. Молекулярная структура многогранника, полученного самосборкой из 144 молекул (расшифрованная методом рентгеноструктурного анализа): 48 четырёхвалентных палладиевых акцепторов (показаны шариками) и 96 лигандов — бипиридиновых (см. Bipyridine) доноров (показаны прямыми линиями; на самом деле это изогнутые молекулы с углом 152°). Рисунок из обсуждаемой статьи в Nature

Группе химиков из Японии удалось побить установленный ею же рекорд самосборки молекулярных геометрических фигур. Ученые смогли так подобрать условия и компоненты, чтобы в растворе прошла реакция самосборки молекулярного многогранника, подобного вирусным капсидам (белковым оболочкам). Новый рекордсмен состоял из 144 молекул. Это открытие имеет огромный прикладной потенциал, поскольку меньшие структуры уже давно используются для катализа, гиперчувствительных сенсоров, хранения энергоносителей, стабилизации взрывчатых веществ и многого другого.

Если смотреть на экспериментальную химию философски, вся она по сути — самосборка. Химик только добавляет одни реагенты к другим, а взаимодействуют в растворе они уже сами по себе: как правило, ничто, кроме диффузии и электростатики, их друг к другу не подталкивает. Так же растут кристаллы: одна молекула «приклеивается» к другой, «выбирая» наиболее энергетически выгодную конформацию.

В принципе, так происходит и в живой клетке. Молекулы, плавая в цитоплазме, сами собираются в структуры, потом эти структуры катализируют самосборку других структур, вплоть до многоклеточного организма. Всё это выглядит как огромный работающий завод без единого рабочего, начальника цеха, директора или уборщицы. Всё работает по (био)химическим законам без чьего-либо сознательного надзора или управления — это результат эволюции, постепенного усложнения, выживания работающих систем и отмирания неработающих.

Исследования законов самосборки молекул начинались с попыток копировать природные процессы. Однако биологические объекты таковы, что человеческому мозгу порой тяжело представить даже их форму. Это педставляет срьезную проблему для биохимических исследований. Так постепенно, в начале 90-х, возникла идея: а почему, собственно, надо исследовать только природную самосборку? Нельзя ли подойти с другой стороны? Выбрать модели, легче поддающиеся исследованиям, и попытаться понять природу на их основе. То есть собрать сначала знания, разбросанные под горящим фонарем, а уж потом идти к фонарям погасшим. Ну а что может быть проще, чем геометрические фигуры? Идея эта, как это часто бывает, возникла независимо в разных научных коллективах — группе Петера Стэнга (Peter J. Stang) из США и группе Макото Фудзиты (Makoto Fujita) из Японии.

На рис. 2 схематично изображены молекулы акцепторов (синие) и доноров (красные) (см. Донорно-акцепторное взаимодействие). Синие могут реагировать только с красными, соединяясь активными группами на двух концах. В качестве доноров (молекул, готовых поделиться электронной парой) используются азотные и другие щелочи. В качестве акцепторов (молекул, готовых электронную пару принять) — комплексы переходных металлов, таких как платина и палладий. При правильном соотношении между реагентами получаются исключительно (с почти 100-процентным выходом) структуры, изображенные на рис. 2, что само по себе уже интересно. Площадь таких фигур составляет обычно от двух до десяти квадратных нанометров.

Рис. 2. Двумерные фигуры, которые получаются при смешивании двухвалентных доноров и акцепторов определенной формы

Рис. 2. Двумерные фигуры, которые получаются при смешивании двухвалентных доноров (красные) и акцепторов (синие) определенной формы. Рисунок из обсуждаемой статьи в Chemical Reviews

Почти сразу стало понятно, что на двумерных структурах можно не останавливаться и попробовать собрать подобным образом трехмерные структуры — молекулярные «клетки» (cages); рис. 3. Для получения трехмерных фигур нужны доноры и/или акцепторы с тремя и более активными окончаниями.

Рис. 3. Некоторые трехмерные фигуры, которые получаются при смешивании доноров и акцепторов соответствующих форм

Рис. 3. Некоторые трехмерные фигуры, которые получаются при смешивании доноров и акцепторов соответствующих форм. Рисунок из обсуждаемой статьи в Chemical Reviews

У реакций оказалось несколько неожиданное, и даже контринтуитивное, свойство: если смешать несколько разных «синих» молекул с «красными», то всё равно они «выбирают» из раствора те, которые дают наиболее упорядоченные структуры, не перемешиваясь между собой. Таким образом, фактически осуществляется не только самосборка, но и самосортировка (рис. 4). Объясняется это тем, что наиболее упорядоченные структуры по совместительству оказались и наиболее энергетически выгодными.

Рис. 4. Примеры реакций самосортировки

Рис. 4. Примеры реакций самосортировки. A — три разных платиновых акцептора (черный, синий и зеленый), смешанные в одном сосуде с бипиридиновым донором (красный), дают исключительно структуры, в составе которых нет разных акцепторов. Группа ONO2 отходит от платины, и на ее место встает азот бипиридинового донора. B — другой пример самосортировки, в котором черный акцептор, реагируя с двумя донорами разной длины (фиолетовым и красным) в одном сосуде, дает на выходе два типа квадратов, но не прямоугольник. C — самосортировка с получением трехмерной структуры (молекулярной «клетки») в качестве одного из продуктов. Рисунки из обсуждаемой статьи в Chemical Reviews

На первый взгляд, область исследований самосборки молекулярных геометрических фигур может показаться очень узкой, представляющий не более чем академический интерес. Таких областей, которые когда-нибудь для чего-нибудь пригодятся (или не пригодятся), действительно хватает, но в обсуждаемом случае дело обстоит совершенно не так. И структуры, и методы их получения (а также открытые закономерности) очень быстро нашли огромное количество немедленных и отдаленных применений. Как и предполагалось, благодаря этим исследованиям стало понятнее, как работает самосборка биологических структур (например, вирусных капсидов).

Методы самосборки легли в основу огромной области исследований металлорганическиx координационныx полимерoв (Metal-organic frameworks, MOFs). Структуры, полученные такими методами, используют как гиперчувствительные сенсоры, так как при взаимодействии с определенными веществами они меняют свои физические свойства. C помощью молекулярных «клеток» ускоряют органические реакции, используя внутренние полости, чтобы приблизить реагенты друг к другу (как в природе делают ферменты). Также с их помощью стабилизируют взрывчатые или самовоспламеняющиеся вещества, например белый фосфор. В некоторые типы молекулярных «клеток» вставляют лекарства и доводят их до целевых органов, минуя здоровые. И это далеко не полный список.

Конечно же, и академические исследования в такой полезной области не остановились. В частности, один из любопытных вопросов, которыми задаются исследователи самосборки, — какое наибольшее число молекул может «самособраться» в упорядоченную структуру без какой-либо посторонней помощи? В природе такой фокус могут проделывать сотни компонентов (например, те же вирусные капсиды). Смогут ли химики потягаться с природой?

Предпоследний рекорд был поставлен в группе Фудзиты. B начале 2016 года с помощью тщательного расчета топологии желаемой структуры и планирования геометрии молекулярных «деталек конструктора», им удалось (само)собрать структуру, принадлежащую к классу архимедовых тел, из 90 частиц: 30 четырехвалентных палладиевых акцепторов и 60 бипиридиновых доноров (вторая справа на рис. 5).

Рис. 5. Примеры архимедовых тел, полученных (кроме самого правого) самосборкой

Рис. 5. Примеры архимедовых тел, полученных (кроме самого правого) самосборкой четырёхвалентных палладиевых акцепторов и бипиридиновых доноров. M — металлосодержащий акцептор, L — лиганд (донор). Рисунок из обсуждаемой статьи в Nature

Барьер в сто компонентов на тот момент еще не был преодолен, и некоторые считали, что он непреодолим. Не обращая внимания на предсказания скептиков, в новом исследовании ученые замахнулись на следующий архимедов многогранник, из 180 частиц: 60 палладиевых акцепторов и 120 пиридиновых доноров (крайняя справа структура на рис. 5).

Произведя соответствующие расчеты, химики синтезировали для него молекулярные кирпичики, сделали раствор ингредиентов в отношении один акцептор к двум донорам и проследили за реакцией с помощью ЯМР-спектроскопии. Когда все исходные реагенты прореагировали, из раствора удалось выделить кристаллы и охарактеризовать их молекулярную структуру методом рентгеноструктурного анализа. К удивлению экспериментаторов, перед ними предстал многогранник cо структурой, далекой от ожидаемой (рис. 6, слева).

Рис. 6. Молекулярные «многогранники Гольдберга» M30L60 и M48L96, полученные самосборкой

Рис. 6. Молекулярные «многогранники Гольдберга» M30L60 (слева) и M48L96 (справа), полученные самосборкой в растворе из одинаковых строительных блоков при разных условиях кристаллизации. Сверху — схематические изображения фигур, снизу — карты электронной плотности, полученные анализом рентгено-кристаллографических данных. Многогранник M30L60 обладает хиральностью, то есть в его растворе сосуществуют два изомера, являющиеся зеркальным отражением друг друга. Карта электронной плотности представлена только для одного из изомеров. Многогранник M48L96 хиральностью не обладает. Рисунок из обсуждаемой статьи в Nature

Так же как и предыдущий рекордсмен, он состоял из 30 акцепторов и 60 доноров («ага!» — воскликнули скептики), только относился не к архимедовым многогранникам, a был близок к другому классу фигур — многогранникам Гольдберга (см. Goldberg polyhedron).

Многогранники Гольдберга — геометрические фигуры, открытые математиком Майклом Гольдбергом (Michael Goldberg) в 1937 году. Классические многогранники Голдберга состоят из пяти- и шестиугольников, соединенных друг с другом по определенным правилам (кстати, усеченный икосаэдр, знакомый многим по форме футбольного мяча, — это пример многогранника Гольдберга). Несмотря на то, что в обсуждаемой работе многогранники состоят из треугольников и квадратов, они родственны многогранникам Гольдберга, что доказывается с использованием теории графов.

Ученые произвели дополнительные расчеты, из которых следовало, что данная структура метастабильна и что существует более энергетически стабильный многогранник из 48 акцепторов и 96 доноров, который может получиться из тех же исходных молекул. Оставалось «только» найти подходящие условия для его получения, выделения и характеристики. После многочисленных попыток, при разной температуре и с использованием разных растворителей, были получены кристаллы, которые под микроскопом визуально отличались от предыдущих. Пинцетом их отобрали от ранее охарактеризованных, и рентгеноструктурный анализ подтвердил: самосборкой был получен новый рекордсмен, состоящий из 144 молекул (рис. 6, справа).

Учитывая историю успешных поисков применений для аналогов меньших размеров, авторы надеются, что и вновь открытым молекулам, а также методам, которые были для них разработаны, найдутся интересные применения. На достигнутом они останавливаться не собираются и намерены получить еще более крупные структуры из большего количества компонентов.

Источники:
1) Rajesh Chakrabarty, Partha S. Mukherjee, Peter J. Stang. Supramolecular Coordination: Self-Assembly of Finite Two- and Three-Dimensional Ensembles // Chemical Reviews. 2011. V. 111, P. 6810–6918. DOI: 10.1021/cr200077m.
2) Daishi Fujita, Yoshihiro Ueda, Sota Sato, Nobuhiro Mizuno, Takashi Kumasaka, Makoto Fujita. Self-assembly of tetravalent Goldberg polyhedral from 144 small components // Nature. 2016. V. 510, P. 563–567. DOI: 10.1038/nature20771.

Григорий Молев


Комментарии (33)



Последние новости: ХимияКристаллографияГригорий Молев

16.02
Открыт бензольный дикатион — пирамида с шестикоординационным углеродом
02.02
Водород сдает позиции: с помощью электронной дифракции удалось «увидеть» его атомы в нанокристаллах
27.12
Найдены новые потенциальные препараты от туберкулеза
02.11
«Сухая вода» помогла измерить поляризацию ковалентных связей
19.10
Нобелевская премия по химии — 2016
23.09
Впервые получены структуры контактной и сольватноразделённой ионных пар силенил-литиевого соединения
06.07
Метанокисляющие микроорганизмы донных осадков оказались неожиданно разнообразными
17.06
В металло-карбеноидах чем больше катион щелочного металла, тем стабильнее молекула
31.05
Получены двумерные наноструктуры с контролируемыми размером и свойствами поверхности
12.04
Рибоза и другие сахара могут синтезироваться в частицах межзвездного льда под действием ультрафиолетового излучения

Научная картинка дня


Новости науки по темам: антропология, археология, астрономическая научная картинка дня, астрономия, биология, биотехнологии, генетика, геология, затмения, информационные технологии, космос, лингвистика, математика, медицина, нанотехнологии, наука в России, наука и общество, Нобелевские премии, палеонтология, Первое апреля, психология, технологии, физика, химия, эволюция, экология, энергетика, этология

Новости науки по авторам: Валентин Анаников, Дарья Баранова, Вера Башмакова, Александр Бердичевский, Максим Борисов, Варвара Веденина, Александр Венедюхин, Михаил Волович, Михаил Гарбузов, Алексей Гиляров, Дмитрий Гиляров, Сергей Глаголев, Евгений Гордеев, Николай Горностаев, Владимир Гриньков, Дмитрий Дагаев, Юрий Ерин, Анастасия Еськова, Дмитрий Жарков, Андрей Журавлёв, Дмитрий Замолодчиков, Игорь Иванов, Вячеслав Калинин, Павел Квартальнов, Мария Кирсанова, Дмитрий Кирюхин, Александр Козловский, Юлия Кондратенко, Артем Коржиманов, Ольга Кочина, Аркадий Курамшин, Виталий Кушниров, Иван Лаврёнов, Алексей Левин, Андрей Логинов, Сергей Лысенков, Лейла Мамирова, Александр Марков, Мария Медникова, Вадим Мокиевский, Григорий Молев, Тарас Молотилин, Антон Морковин, Марат Мусин, Максим Нагорных, Елена Наймарк, Алексей Опаев, Петр Петров, Александр Пиперски, Константин Попадьин, Сергей Попов, Роман Ракитов, Татьяна Романовская, Александр Самардак, Александр Сергеев, Андрей Сидоренко, Виктория Скобеева, Даниил Смирнов, Павел Смирнов, Дарья Спасская, Любовь Стрельникова, Дмитрий Сутормин, Алексей Тимошенко, Александр Токарев, Александр Храмов, Мария Шнырёва, Сергей Ястребов, Светлана Ястребова

Новости науки по месяцам: 2017 II, I  2016 XII, XI, X, IX, VIII, VII, VI, V, IV, III, II, I  2015 XII, XI, X, IX, VIII, VII, VI, V, IV, III, II, I  2014 XII, XI, X, IX, VIII, VII, VI, V, IV, III, II, I  2013 XII, XI, X, IX, VIII, VII, VI, V, IV, III, II, I  2012 XII, XI, X, IX, VIII, VII, VI, V, IV, III, II, I  2011 XII, XI, X, IX, VIII, VII, VI, V, IV, III, II, I  2010 XII, XI, X, IX, VIII, VII, VI, V, IV, III, II, I  2009 XII, XI, X, IX, VIII, VII, VI, V, IV, III, II, I  2008 XII, XI, X, IX, VIII, VII, VI, V, IV, III, II, I  2007 XII, XI, X, IX, VIII, VII, VI, V, IV, III, II, I  2006 XII, XI, X, IX, VIII, VII, VI, V, IV, III, II, I  2005 XII, XI, X, IX, VIII, VII, VI, V, IV, III, II, I 

Новости науки почтой (рассылка на Subscribe.ru):

 


Где еще почитать научные новости: «Биомолекула», «Вокруг света», Газета.ру. Наука, «Индикатор», «Наука и жизнь», Наука и технологии РФ, «Научная Россия», «Популярная механика», РИА Наука, «Чердак», N+1, Naked Science

 


при поддержке фонда Дмитрия Зимина - Династия