Элементы Элементы большой науки

Поставить закладку

Напишите нам

Карта сайта

Содержание
Энциклопедия
Новости науки
LHC
Картинка дня
Библиотека
Видеотека
Книжный клуб
Задачи
Масштабы: времена
Детские вопросы
Плакаты
Научный календарь
Наука и право
ЖОБ
Наука в Рунете

Поиск

Подпишитесь на «Элементы»



ВКонтакте
в Твиттере
в Фейсбуке
на Youtube
в Instagram



Библиотека

 
Л. Краусс
«Страх физики». Глава из книги


Интервью с В. Сурдиным
Полет на Луну — это командировка на неделю


А. Акопян
Как ищут тёмную материю


И. Акулич
Идеальный почтовый индекс


А. Бердников
Интерференция в домашних условиях. Плёнки и антиплёнки


Интервью с Л. Марголисом
Леонид Марголис: «Мне всегда было интересно, как клетки разговаривают друг с другом»


А. Иванов
Сибирь и Северная Америка были единым целым более миллиарда лет назад


П. Амнуэль
Одиночество во Вселенной


Р. Фишман
Детективы каменного века


О. Макаров
Животные, которые дарят надежду







Главная / Новости науки версия для печати

Горизонтальный перенос генов приводит к новому режиму эволюции


Схема эволюции жизни с учетом горизонтального переноса генов (один из возможных вариантов) похожа не на дерево, а на запутанную сеть (из статьи W. F. Doolittle «Phylogenetic Classification and the Universal Tree». Science, 1999. №5423. V. 284. P. 2124-2128)
Схема эволюции жизни с учетом горизонтального переноса генов (один из возможных вариантов) похожа не на дерево, а на запутанную сеть (из статьи W. F. Doolittle «Phylogenetic Classification and the Universal Tree». Science, 1999. №5423. V. 284. P. 2124-2128)

Методы статистической физики позволили найти точное решение некоторых простых моделей генетической эволюции с горизонтальным переносом генов. Выяснилось, что благодаря такому переносу возникает новый, метастабильный режим эволюции.

Одним из важнейших достижений генетики последних лет стало осознание того, насколько важную роль в эволюции играет горизонтальный перенос генов — передача генетического материала не от предков потомкам, а между одновременно живущими особями, причем не обязательного одного вида. (См. подробности в заметках Горизонтальный перенос генов и его роль в эволюции и У растений обнаружен межвидовой обмен генами.)

Если для высших многоклеточных организмов этот процесс не слишком активен, то для простейших форм жизни он становится важнейшим фактором, определяющим их эволюцию. Вследствие этого границы между видами как генетически обособленными популяциями стираются, и вместо ветвящегося эволюционного древа вырисовывается концепция «эволюционной сети» (см. статью На что похожа эволюция: на ветвящееся дерево или на сеть?). Более или менее стабильной эволюционной единицей становится не отдельный вид, а квазивид — набор нескольких линий, генетически взаимодействующих и поддерживающих друг друга (см. подробности в статье Вирусы-мутанты помогают друг другу в борьбе за выживание).

Такое положение вещей привело биологов к необходимости взглянуть на сеть множества взаимодействующих генетических линий «с высоты птичьего полета» — как на систему из взаимодействующих друг с другом «информационных элементов», устойчивость которых определяется как внутренним состоянием системы, так и внешними условиями. Так, в своем эссе «Следующая революция в биологии» («Biology's next revolution»), опубликованном на страницах последнего выпуска журнала Nature, Найджел Голденфельд (Nigel Goldenfeld) и Карл Вёз (Carl Woese) утверждают, что ключевую роль в дальнейшем понимании этой ситуации должен сыграть новый язык, основанный на строгих математических результатах, точных моделях статистической физики и теории динамических систем.

Словно прислушавшись к этому совету, журнал Physical Review Letters опубликовал на днях статью J.-M. Park and M. W. Deem, Physical Review Letters 98, 058101 (29 January 2007), доступную также как q-bio.PE/0612027, в которой как раз исследуется модель квазивидов с горизонтальным переносом генов с точки зрения строгой статистической физики.

Авторы этой работы взяли две классические модели генетической эволюции — модель Эйгена и модель параллельной эволюции Кроу—Кимуры — и добавили в их уравнения слагаемые, отвечающее за горизонтальный перенос генов. Получившиеся модели описывают эволюцию большой разношерстной «популяции» полинуклеотидных последовательностей под действием как случайных мутаций, так и обмена генетическим материалом между произвольными «особями». Скорости случайных мутаций и переноса генов задаются независимо, и, кроме того, для каждой конкретной полинуклеотидной последовательности задается некоторая функция приспособленности — параметр, определяющий вероятность выживания и дальнейшего размножения данной последовательности.

В качестве начального состояния всегда бралась генетически неупорядоченная популяция, а конечное состояние, на котором эволюция стабилизировалась спустя большое время, получалось разным в зависимости от значений параметров. Если частота мутаций была слишком высока, то в популяции так и не вырисовывалось каких-либо «генетических предпочтений» — она оставалась в генетически разупорядоченном состоянии. При очень низкой частоте мутаций существенная часть всей популяции, напротив, приобретала очень близкие полинуклеотидные последовательности — те самые, для которых функция приспособленности близка к максимуму. Иными словами, в популяции спонтанно формировался квазивид.

В принципе, такие выводы делались и раньше, на основании моделей без горизонтального переноса генов. Новшество данной работы заключалось в том, что при промежуточной скорости мутации — не слишком большой и не слишком маленькой — могли устойчиво существовать как упорядоченное, так и неупорядоченное состояние. Какое именно из них реализуется в каждом конкретном случае — зависит от предыстории эволюции. Например, генетически упорядоченную популяцию можно разупорядочить небольшим повышением частоты мутаций, однако если частоту снова понизить до исходного значения, то состояние по-прежнему останется неупорядоченным. Перевести популяцию обратно в упорядоченное состояние можно только существенным понижением частоты.

Авторы подчеркивают, что появление этого нового эволюционного режима полностью обязано горизонтальной передаче генов. Можно сказать, что в этой области параметров горизонтальный перенос генов позволяет популяции «сопротивляться» образованию квазивида, но разрушить уже существующий она не может.

Будет нелишним заметить, что описанные явления вовсе не специфичны для эволюционных моделей, а встречаются повсеместно в статистической физике. Например, генетически упорядоченное и неупорядоченное состояния напоминают магнитное и немагнитное (при температуре выше точки Кюри) состояния железа. Переход из одного состояния в другое происходит при усилении или ослаблении роли «хаотического фактора»: в случае генов это мутации, а в случае магнетизма — это тепловое движение атомов. Описанный выше «переход с запаздыванием» тоже напоминает известное явление в магнитных системах — гистерезис.
Интересно и то, что авторы работы решали уравнения не с помощью численного моделирования (которым обычно и ограничиваются, моделируя эволюцию), а аналитически, используя всю ту «тяжелую математическую артиллерию», которая уже давно применяется для такого типа статфизических задач: операторы рождения и уничтожения, функциональный интеграл, диагонализация гамильтониана и нахождение наибольшего среди его собственных значений.

Интересен и еще один вывод, сделанный авторами на основе расчетов. Выяснилось, что наиболее эффективная эволюция наблюдается в тех случаях, когда скорость мутаций и скорость обмена генетическим материалом примерно равны. Таким образом, статистическая физика предсказывает, что в этих случаях два источника генетической изменчивости не просто сосуществуют, а помогают друг другу, позволяя популяции быстрее адаптироваться к новым условиям.

Игорь Иванов


Комментировать



Последние новости: ГенетикаФизикаИгорь Иванов

28.07
CMS не видит других примеров «неправильных» распадов хиггсовского бозона
27.07
Вышли материалы конференции LHCSki 2016
27.07
Рекордные по чувствительности эксперименты LUX и PandaX пока не поймали частицы темной материи
26.07
Физики обсуждают двухфотонный пик в контексте будущего линейного коллайдера
22.07
Предложен новый эксперимент для Большого адронного коллайдера
11.07
Архаичные гены костных ганоидов разнообразнее, чем у более молодых групп позвоночных
27.06
Коллайдер достиг проектной светимости
23.06
Поиск двухфотонного пика в новых данных ведется слепым анализом
20.06
LIGO поймала новые всплески гравитационных волн
15.06
Получение генов пектиназ от протеобактерий резко ускорило видообразование палочников

Научная картинка дня


Новости науки по темам: антропология, археология, астрономическая научная картинка дня, астрономия, биология, биотехнологии, генетика, геология, затмения, информационные технологии, космос, лингвистика, математика, медицина, нанотехнологии, наука в России, наука и общество, Нобелевские премии, палеонтология, Первое апреля, психология, технологии, физика, химия, эволюция, экология, энергетика, этология

Новости науки по авторам: Валентин Анаников, Дарья Баранова, Вера Башмакова, Александр Бердичевский, Максим Борисов, Варвара Веденина, Александр Венедюхин, Михаил Волович, Михаил Гарбузов, Алексей Гиляров, Дмитрий Гиляров, Сергей Глаголев, Евгений Гордеев, Николай Горностаев, Владимир Гриньков, Дмитрий Дагаев, Юрий Ерин, Анастасия Еськова, Дмитрий Жарков, Андрей Журавлёв, Дмитрий Замолодчиков, Игорь Иванов, Вячеслав Калинин, Павел Квартальнов, Мария Кирсанова, Дмитрий Кирюхин, Александр Козловский, Юлия Кондратенко, Артем Коржиманов, Ольга Кочина, Аркадий Курамшин, Виталий Кушниров, Иван Лаврёнов, Алексей Левин, Андрей Логинов, Сергей Лысенков, Лейла Мамирова, Александр Марков, Мария Медникова, Вадим Мокиевский, Григорий Молев, Тарас Молотилин, Антон Морковин, Марат Мусин, Максим Нагорных, Елена Наймарк, Алексей Опаев, Петр Петров, Александр Пиперски, Константин Попадьин, Сергей Попов, Роман Ракитов, Татьяна Романовская, Александр Самардак, Александр Сергеев, Андрей Сидоренко, Виктория Скобеева, Даниил Смирнов, Павел Смирнов, Дарья Спасская, Любовь Стрельникова, Алексей Тимошенко, Александр Токарев, Александр Храмов, Мария Шнырёва, Сергей Ястребов, Светлана Ястребова

Новости науки по месяцам: 2016 VII, VI, V, IV, III, II, I  2015 XII, XI, X, IX, VIII, VII, VI, V, IV, III, II, I  2014 XII, XI, X, IX, VIII, VII, VI, V, IV, III, II, I  2013 XII, XI, X, IX, VIII, VII, VI, V, IV, III, II, I  2012 XII, XI, X, IX, VIII, VII, VI, V, IV, III, II, I  2011 XII, XI, X, IX, VIII, VII, VI, V, IV, III, II, I  2010 XII, XI, X, IX, VIII, VII, VI, V, IV, III, II, I  2009 XII, XI, X, IX, VIII, VII, VI, V, IV, III, II, I  2008 XII, XI, X, IX, VIII, VII, VI, V, IV, III, II, I  2007 XII, XI, X, IX, VIII, VII, VI, V, IV, III, II, I  2006 XII, XI, X, IX, VIII, VII, VI, V, IV, III, II, I  2005 XII, XI, X, IX, VIII, VII, VI, V, IV, III, II, I 

Новости науки почтой (рассылка на Subscribe.ru):

 


Где еще почитать научные новости: «Биомолекула», «Вокруг света», Газета.ру. Наука, «Наука и жизнь», Наука и технологии РФ, «Научная Россия», «Популярная механика», РИА Наука, «Чердак», N+1, Naked Science

 


при поддержке фонда Дмитрия Зимина - Династия