На большом массиве данных по мутагенезу у растения Arabidopsis thaliana показано, что в разных участках генома мутации возникают с разной частотой. Темп мутагенеза предсказывается по эпигенетическим признакам (уровеню метилирования ДНК, открытости хроматина и модификациям гистонов). Распределение этих эпигенетических меток, в свою очередь, зависит от функциональной нагрузки участков ДНК.

Показано, что мутагенез может быть не менее значимым в определении конечного генофонда эволюционирующей популяции, чем фактор отбора. Ученые лишили бактерий Pseudomonas fluorescens жгутиков, а затем пронаблюдали, как в ходе адаптивной эволюции они снова научились их отращивать. При этом мутации, позволившие бактериям заново получить рабочий жгутик, для разных штаммов были разными.