Многие мутации не влияют на приспособленность организма и пассивно накапливаются в генофонде в виде «скрытой изменчивости». Предполагается, что скрытая изменчивость помогает популяции выжить при изменении среды: накопившиеся «бесполезные» мутации могут оказаться полезными в новых условиях. Швейцарским биологи подтвердили это предположение в экспериментах с молекулами РНК, эволюционирующими в пробирке.

У домовых мышей на 17-й хромосоме встречается гаплотип t — фрагмент ДНК, в гомозиготном состоянии ведущий к смерти или стерильности. Он обеспечивает себе эксклюзивное право на размножение, обездвиживая сперматозоиды, его не содержащие. Это должно вести к быстрому распространению гаплотипа t, несмотря на его вредность. Однако спаривание самок с несколькими самцами помогает сдерживать распространение «эгоистичного гена».

Размер генома и число хромосом почти не варьируют внутри вида, но могут сильно различаться у разных видов одного рода. Исследования на бабочках и коловратках показали, что ранние этапы видообразования могут сопровождаться взрывообразным ростом изменчивости по размеру генома и числу хромосом. Различия по этим признакам не обязательно приводят к репродуктивной изоляции, хотя это важная предпосылка для ее развития.