Быстрое видообразование цихлид больших африканских озер по праву называют «великим эволюционным экспериментом природы». В озерах Виктория, Малави и Танганьика из небольшого числа случайных вселенцев за непродолжительное по эволюционным меркам время развились сотни эндемичных видов, сильно различающихся по своему строению и образу жизни. Швейцарские биологи отсеквенировали полные геномы почти всех видов цихлид, обитающих в Танганьике, что позволило с небывалой детальностью реконструировать эволюционную историю местного «пучка видов».

Филогенетический анализ консервативных генов современных эукариот и прокариот позволил ученым прояснить вероятный сценарий становления эукариот. Асгардархейный предок, гены которого чаще других дуплицировались и становились источником полезных инноваций, стал, по всей видимости, хозяином эндосимбионта (родственного альфа-протеобактериям), который со временем трансформировался в митохондрии. Гены бактерий различных линий внесли наибольший вклад в организацию метаболизма эукариот.

Бабочки Junonia coenia, у которых в зависимости от температуры и продолжительности светового дня крылья получаются либо бежевыми, либо темно-красными, — удобный объект для изучения фенотипической пластичности. Американские биологи вывели линии бабочек с усиленным и с ослабленным фенотипическим ответом на внешние условия. Генетический анализ показал, что за ширину нормы реакции отвечают регуляторные участки трех генов, напрямую отвечающих за цвет чешуек. При этом более высокие уровни регуляции остались неизменными: изменилась лишь локальная реакция определенных частей развивающегося организма на эти системные сигналы.

Анализ морфологии и филогении 75 видов птерозавров показал, что на протяжении их эволюционной истории происходило улучшение летных качеств: увеличивалась относительная длина крыльев, росла эффективность полета, улучшалось планирование. Исключение составляют поздние птерозавры аждархиды — у них этой тенденции нет, вероятно, из-за особенностей образа жизни: их реконструируют либо как преимущественно наземных хищников, либо как рыбоядных животных наподобие пеликанов, летавших низко над водой.