Международная группа палеогенетиков проанализировала Y-хромосомы денисовцев и неандертальцев, живших 700–40 тысяч лет назад, сравнив их с хромосомами сапиенсов. Филогенетическое дерево, построенное по этим данным, получилось таким же, как и дерево митохондриальных геномов, но сильно отличается от дерева, построенного по аутосомам. Это указывает на привнос генов сапиенсов в геномы поздних неандертальцев и дальнейший отбор в пользу сапиенсных вариантов.