Считается, что мельчайшие планктонные водоросли — основные производители органического вещества в океане — получают все необходимые вещества из внешней среды в минеральной форме. Однако эксперименты в водах Атлантики показали, что мелкие водоросли, испытывая нехватку нужных им элементов, восполняют их дефицит, потребляя бактерий.

Считается, что связывание CO₂ в старых лесах уравновешено его выделением в результате дыхания организмов, разлагающих отмершую древесину. Однако анализ большого числа данных по лесам северных и умеренных широт Северного полушария показывает, что в большинстве случаев старые леса продолжают больше связывать углерода, чем выделять.

Будучи самыми массовыми формами жизни в океане, вирусы заражают обитающих в поверхностном слое донных отложений бактерий, вызывая их гибель и разрушение клеток. Образуется большое количество растворенного и взвешенного органического вещества, которое снова используется бактериями, позволяя им быстро наращивать численность.