Изучение геномов всех трех родов современных двоякодышащих рыб показало, что гигантский размер геномов двоякодышащих объясняется бесконтрольным размножением мобильных генетических элементов — ретротранспозонов. Отчасти это объясняется тем, что у предков современных двоякодышащих редуцировалась система обезвреживания мобильных элементов при помощи специальных малых РНК.