Методы выявления гибридизации и генетической интрогрессии при филогенетических несоответствиях

В. А. Комарова^1, *, Л. А. Лавренченко^1, **

¹Институт проблем экологии и эволюции им. А.Н. Северцова РАН
Ленинский просп., 33, Москва, 119071 Россия
*E-mail: k_vakka@yahoo.com
**E-mail: llavrenchenko@gmail.com
Поступила в редакцию 30.07.2021 г.
После доработки 04.08.2021 г.
Принята к публикации 26.08.2021 г.

Интрогрессивная гибридизация представляет собой широко распространенное явление в эволюции растений и животных. Заключение о межвидовом потоке генов часто делают при выявлении несогласованности между топологиями генных деревьев. Однако обнаруженное филогенетическое несоответствие может быть вызвано и другими эволюционными процессами, такими как неполная сортировка линий. В таком случае обнаружение и количественная характеристика интрогрессии представляются весьма непростой задачей. В настоящем обзоре дана краткая характеристика основных процессов (гибридизации и интрогрессии, неполной сортировки линий), которые ответственны за несогласованность между топологиями генных деревьев. Обобщены сведения о классических филогенетических и аналитических методах, позволяющих определять и отличать гибридизацию и интрогрессию от неполной сортировки линий при сравнении филогенетических деревьев, построенных на основе отдельных генетических маркеров. Рассмотрены методы, разработанные не только для определения паттернов интрогрессии в присутствии неполной сортировки линий, но и для количественной оценки обнаруженной интрогрессии (доля генетического смешения, направление, время), кратко рассмотрены преимущества и методические ограничения каждого из них. Также рассмотрены методы филогенетических сетей, представляющиеся неотъемлемым инструментом для реконструкции сложных эволюционных историй в присутствии ретикулярных событий (гибридизация, интрогрессия и другие).

DOI: 10.31857/S0044459621060051

Полный текст статьи доступен на сайте Elibrary.ru (необходимо зарегистрироваться).