Наши предки заимствовали у неандертальцев и денисовцев важные гены для защиты от вирусов

Частота встречаемости некоторых вариантов (аллелей) генов ГКГ класса 1, предположительно заимствованных сапиенсами у денисовцев, а также суммарная частота всех аллелей гена HLA-A, предположительно заимствованных у денисовцев и неандертальцев (справа внизу). Изображение из обсуждаемой статьи в Science
Частота встречаемости (%) некоторых вариантов (аллелей) генов ГКГ класса 1, предположительно заимствованных сапиенсами у денисовцев (аллель 11 гена HLA-A, аллель 15 гена HLA-C, аллель 73:01 гена HLA-B), а также суммарная частота всех аллелей гена HLA-A, предположительно заимствованных у денисовцев и неандертальцев (внизу справа). Изображение из обсуждаемой статьи в Science

Успехи палеогенетики позволили обнаружить в генофонде внеафриканского человечества заметную примесь неандертальских и денисовских генов. До сих пор, однако, не было известно, какие полезные признаки приобрели наши предки в результате гибридизации с архаичными человеческими популяциями. Новое исследование показало, что сапиенсы заимствовали у неандертальцев и денисовцев несколько широко распространенных за пределами Африки вариантов (аллелей) трех генов Главного комплекса гистосовместимости — HLA-A, HLA-B и HLA-C, — от которых зависит устойчивость к вирусным инфекциям.

Гены и белки Главного комплекса гистосовместимости (ГКГ) класса I играют у позвоночных ключевую роль в борьбе с вирусными инфекциями, а также с переродившимися (например, раковыми) клетками собственного организма. У человека этих генов три, называются они HLA-A, HLA-B и HLA-C и располагаются все вместе (единым кластером) на шестой хромосоме.

Белки ГКГ необходимы для того, чтобы специализированные клетки иммунной системы — T-лимфоциты и NK-лимфоциты — могли своевременно распознать присутствие в клетках организма чужеродных белков (например, вирусных). Все белки, имеющиеся в клетке, рано или поздно отправляются на переработку: специальные молекулярные «мясорубки» — протеасомы — режут их на короткие фрагменты (см.: Белки попадают в протеасому через «преддверие» уже развернутыми, «Элементы», 05.11.2010). Некоторые из этих фрагментов — пептиды длиной по 8–10 аминокислот — присоединяются к белкам ГКГ и вместе с ними транспортируются на поверхность клетки. Сидящие на поверхности клеток комплексы из белков ГКГ и прикрепленных к ним пептидов представляют собой что-то вроде «паспорта» клетки. Лимфоциты «ощупывают» их своими рецепторами, и если будет замечен чужеродный пептид, клетка может быть атакована и уничтожена.

Упрощенная схема участка шестой хромосомы, содержащего гены ГКГ класса I. Рисунок из обсуждаемой статьи в Science
Упрощенная схема участка шестой хромосомы, содержащего гены ГКГ класса I. Рисунок из обсуждаемой статьи в Science

Каждый белок ГКГ может прикрепить к себе не любой пептид, а только принадлежащий к определенному классу (с определенными аминокислотами, занимающими несколько «ключевых» позиций). Поэтому от набора генов ГКГ в геноме зависит, от каких вирусов организм будет хорошо защищен, а от каких — не очень. Поскольку вирусов много и они быстро эволюционируют, гены ГКГ находятся под действием так называемого балансирующего отбора, поддерживающего высокий уровень генетического полиморфизма. Действительно, гены ГКГ класса I чрезвычайно полиморфны: каждый из них присутствует в генофонде в виде сотен вариантов (аллелей). Хотя у одного человека в геноме может быть, конечно, только по два аллеля каждого из трех генов.

Полиморфизм генов ГКГ дополнительно поддерживается половым отбором, потому что многие позвоночные выбирают партнеров на основе индивидуального запаха, который во многом определяется набором пептидов ГКГ, причем предпочтение часто отдается запаху, несхожему со своим собственным (см.: Видообразование — личное дело каждого, «Элементы», 15.02.2006). Такой алгоритм выбора партнера дает преимущество редким аллелям ГКГ, и в том же направлении действует отбор, осуществляемый эпидемиями вирусных заболеваний.

Ранее было показано, что в генофонде современного внеафриканского человечества имеется примесь генов архаичных евразийских человеческих популяций — неандертальцев и денисовцев (см.: Геном неандертальцев прочтен: неандертальцы оставили след в генах современных людей, «Элементы», 10.05.2010; Прочтен ядерный геном человека из Денисовой пещеры, «Элементы», 23.12.2010). Логично предположить, что среди заимствованных генов были и какие-то аллели ГКГ. Вышедшие из Африки сапиенсы наверняка были хуже приспособлены к местным инфекциям, чем коренные обитатели Евразии, поэтому такое заимствование могло оказаться для них весьма полезным.

Большая международная группа генетиков решила проверить это предположение. О результатах проверки рассказано в статье, опубликованной в последнем выпуске журнала Science. Авторы сопоставили набор аллелей генов HLA-A, HLA-B и HLA-С у трех неандертальцев из пещеры Виндия в Хорватии (у всех троих, кстати, набор аллелей ГКГ класса I оказался одинаковым, что свидетельствует об очень близком родстве) и у человека из Денисовой пещеры с разнообразием аллелей этих генов в современном человечестве. В ходе анализа использовалось несколько взаимодополняющих подходов и статистических методов. В частности, учитывались данные по так называемому «неравновесию по сцеплению» (linkage disequilibrium, LD) — этим неудобоваримым термином генетики обозначают повышенную, по сравнению с ожидаемой при случайном распределении, частоту совместной встречаемости двух генетических вариантов (например, определенного аллеля HLA-B с определенным аллелем HLA-C).

Почти все аллели ГКГ класса I, обнаруженные у неандертальцев и денисовца, встречаются в генофонде современного человечества, причем большинство из них распространено преимущественно (или исключительно) за пределами тропической и южной Африки. Для нескольких аллелей удалось показать, что вероятность их заимствования нашими предками у денисовцев и неандертальцев существенно выше вероятности того, что эти аллели были унаследованы сапиенсами и архаичным населением Евразии от общего предка. Степень достоверности этого вывода для разных аллелей получилась разной. С наибольшей уверенностью можно говорить о заимствовании аллеля 73:01 гена HLA-B, аллелей 11, 26, 24:02, 31:01 гена HLA-A, аллеля 15 гена HLA-C. Возможно, были заимствованы также некоторые аллели генов рецепторов NK-лимфоцитов (тех самых рецепторов, при помощи которых лимфоциты распознают белки ГКГ с прикрепленными к ним пептидами).

Многие заимствованные нашими предками у денисовцев и неандертальцев аллели ГКГ оказались полезными и были поддержаны отбором. Это видно по высокой частоте их встречаемости. Так, суммарная частота встречаемости всех предположительно заимствованных аллелей HLA-A кое-где в Восточной Азии превышает 60%, а в горных районах Новой Гвинеи приближается к 100% (см. правую нижнюю карту на рисунке). Один из широко распространенных «архаичных» аллелей (HLA-A*11) обеспечивает эффективную защиту от вируса Эпштейна—Барр; в чём состоит специфика остальных неандертальских и денисовских аллелей, пока не известно.

Таким образом, исследование добавило важные подробности к обнаруженному ранее факту присутствия в генофонде внеафриканского человечества неандертальских и денисовских генов. Помимо прочего, характер географического распределения заимствованных аллелей ГКГ позволяет предположить, что гибридизация наших предков с архаичными обитателями Евразии, возможно, происходила не в какой-то одной точке, а в разных районах Западной, Южной и Восточной Азии.

Источник: Laurent Abi-Rached, Matthew J. Jobin, Subhash Kulkarni, Alasdair McWhinnie, Klara Dalva, Loren Gragert, Farbod Babrzadeh, Baback Gharizadeh, Ma Luo, Francis A. Plummer, Joshua Kimani, Mary Carrington, Derek Middleton, Raja Rajalingam, Meral Beksac, Steven G. E. Marsh, Martin Maiers, Lisbeth A. Guethlein, Sofia Tavoularis, Ann-Margaret Little, Richard E. Green, Paul J. Norman, Peter Parham. The Shaping of Modern Human Immune Systems by Multiregional Admixture with Archaic Humans // Science. 2011. V. 334. P. 89–94.

См. также:
1) Геном неандертальцев прочтен: неандертальцы оставили след в генах современных людей, «Элементы», 10.05.2010.
2) Прочтен ядерный геном человека из Денисовой пещеры, «Элементы», 23.12.2010.

Александр Марков


6
Показать комментарии (6)
Свернуть комментарии (6)

  • extravaganza  | 08.10.2011 | 12:24 Ответить
    Если одна из мутаций действительно защищает от вируса Эпштейна-Барр, то возможно это как-то объясняет почему лимфома Беркитта (http://en.wikipedia.org/wiki/Burkitt%27s_lymphoma), вызываемая этим вирусом встречается часто у африканских негроидов и довольно редка во всем остальном мире.
    И также можно предположить, что и сам вирус Эпштейна-Барр имеет неафриканское происхождение.
    Ответить
  • Скеп-тик  | 09.10.2011 | 21:41 Ответить
    Генетико-палеонтологическая информация навела на этологическо-эстетические размышления.
    Каким образом неандертальци могли прилить свою "кровь" хомо-сапиенс-сапиенс (с-с)?Вывод один: женщины отдавали предпочтение хомо-сапиенс-неандерталес, если те оказывались поблизости, в то же время не покидая своей семейной группы. Варианты семей из мужчин с-н и женщин с-с маловероятен, поскольку мог оставить мощную линию Y-хромосомы с-н типа (или мальчики с-н-с были стерильны).
    Прием в семьи с-с женщин с-н тоже оставил бы заметный след (противоречит существованию м-"Евы"). Получается, что женщины с-с покидали свою семью и жили с мужчинами с-н, а забеременев, возвращались к сородичам. За 50-200 лет (из опыта англо-ирландской колонизации территории США) пограничные племена сплош оказывались гибридными, а неандертальцы вымирали. В последующем женщины " гибридных линий", видимо, пользовались огромным успехом у "чистых" с-с (как теперь - длинноволосые блондинки). Да и живучее были (отсылка к данному дайджесту).
    Вот такая фантазия о вкусах наших предков.
    P.S. Кстати, а не публиковались ли статьи, где рассматривался переход от коротких курчавых волос негроидов к постоянно растущим прямым волосам азиатов и европоидов? Былобы интересно узнать, когда мы обзавелись шевелюрами, которую я, увы, растерял.
    Ответить
    • olegov > Скеп-тик | 10.10.2011 | 09:46 Ответить
      Скорее ситуация была следующей, как и среди всех древних племен была выражена патрилокальность и женщины просто уходили в неандертальскую группу, где появлялись гибриды. Со временем эти группы становились все более сапиентными, а их гибридные женщины уходя в сапиентные группы способствовали дальнейшему смешению и в итоге кровь неандеров растворилась полностью за счет дрейфа генов. Остались только дающие приспособленность гены. Известно что мужчинам в основном нравяться женщины с более светлой кожей, было исследование на этот счет, да и без исследования в принципе понятно т.к. это один из признаков быстрого отличия женщины от мужчины. Поэтому неандерские светлые гибриды женщин точно вызывали интерес в сапиентных группах.
      Ответить
      • Скеп-тик > olegov | 11.10.2011 | 00:12 Ответить
        Вероятность смешаных семей, существующих несколко сезонов, ничтожна. Следующие факторы (с-н/с-с): рост 170-180/150-160 (мужчин); семейная группа/группа семей (6-15 чел/более 15-60 чел); охотники/охотники-собиратели.
        Малочисленость неандертальцев наводит на мысль, что и женщины у них были полноценными охотниками, что делает трудным в с-с патриархат, хотя и терпимый к адьюльту. В то же время с-с женщины практически бесполезны в семье с-н, и в трудные времена неспособны отвоевать себе кусок пищи. Но с весны по позднюю осень их могли содержать под защитой как сексуальные игрушки. Когда же женщины с-н входили "в охоту"(суровые условия предпологают сезонность размножения), то с-с женщины либо уходили, либо съедались.
        В начальные периоды контакта конкуренция с-н и с-с была небольшой (добыча: лошади,быки,лоси/козы,лисы,зайцы + растительность). Поэтому они могли сосуществовать по соседству 50-200 лет, пока возростающая численость с-с не отнимала территорию у неандертальцев.
        Поэтому женщины с-с могли находиться в семьях у неандертальцев в летнее время, добровольно или в плену. Остальные варианты маловероятны.
        Ответить
  • pooha  | 14.10.2011 | 15:22 Ответить
    А меня вот какой вопрос занимает. Сколько было секвенировано геномов неандертальцев? Вроде как один более или менее полно, ещё пара очень фрагментарно. А денисовец один. Получается, что есть вероятность того, что секвенируют ещё одного неандертальца и ещё одного денисовца, например, и найдут у них абсолютно сапиенсный вариант и HLA, и митохондриального гаплотипа. И получится, что все эти варианты появились ещё до их расхождения от общего предка. Мне такое развитие событий кажется очень вероятным.
    Ответить
  • tnaia  | 13.01.2012 | 08:34 Ответить
    Ну, наконец-то начали появляться научные доказательства т.н. "гибридизации", что некоторыми настойчиво отвергалось -- проявляясь нападками на противников идеи и/или на оппонентов. Ещё более 15 лет назад русский учёный А.Н. Погребной-Александров утверждал, что: Не могли не скрещиваться различные "близкие виды" проживая в непосредственной близости друг от друга в течении тысячелетий, а возможно... -- мы искусственно разделили их по надуманным предположениям и теориям. Кстати, и сейчас можно встретить среди людей множество разнообразия форм, при которых есть сходство и с внешним видом описываемых "пращуров" человека разумного, но о которых не упоминают по причинам не только политкорректности. Да и в биологии давно известно ряд методов сохранения вымирающих видов, при которых путём гибридизации и селекции добиваются возрождения животных из незначительного числа особей. При том, -- необходимо заметить, -- геном возрождённого вида имеет незначительные вкрапления близкого вида, использованного для "прилива свежей крови". В данном случае, -- при естественном отборе, -- процесс формирования "улучшенной породы человека" длился более длительное время. Вполне вероятно, что и зарождение человека со временем сместится с простор африканского континента тоже.
    Ответить
Написать комментарий


Элементы

© 2005–2025 «Элементы»