Синтез РНК в «протоклетках» всё-таки возможен

Окруженные липидными мембранами пузырьки - протоклетки, в которых идет синтез РНК

Окруженные липидными мембранами пузырьки — «протоклетки», в которых идет синтез РНК. Протоклетка растет за счет того, что в ее оболочку встраиваются молекулы жирных кислот, плавающие в окружающей среде в виде мицелл. Получающиеся нитевидные, ветвистые структуры распадаются на отдельные пузырьки при легком встряхивании. В протоклетки заранее помещены молекулы РНК с затравками-праймерами (двуспиральная часть молекулы) и однонитевым «хвостом», который нужно реплицировать. Активированные нуклеотиды из окружающей среды проникают в протоклетку путем диффузии. В присутствии комплекса из цитрата и ионов Mg2+ они участвуют в неферментативной репликации РНК. В результате достраивается фрагмент двойной спирали, выделенный красным цветом. Рисунок из дополнительных материалов к обсуждаемой статье в Science

Один из возможных сценариев зарождения жизни предполагает существование в прошлом «протоклеток» с липидной оболочкой, в которых шел неферментативный матричный синтез (репликация) РНК. Проблема в том, что ионы магния, катализирующие репликацию РНК, разрушают липидные мембраны и способствуют распаду однонитевых молекул РНК. Нобелевский лауреат Джек Шостак (Jack W. Szostak) и его ученица Катажина Адамала (Katarzyna Adamala) преодолели это препятствие, добавив в среду хелатирующий агент — цитрат. Оказалось, что ионы магния в комплексе с цитратом по-прежнему катализируют репликацию РНК, но уже не повреждают мембраны и однонитевые РНК. Это открытие позволило ученым создать искусственные протоклетки, внутри которых синтез РНК идет без помощи белковых ферментов и рибозимов.

Биологи и химики, пытающиеся раскрыть тайну зарождения жизни, параллельно разрабатывают несколько возможных сценариев. Некоторые модели (например, те, что связывают появление жизни с гидротермальными источниками того или иного типа) предполагают сравнительно позднее появление клеток, окруженных мембранами. Возможно, жизнь поначалу ютилась в микрополостях минералов в окрестностях вулканических источников, причем роль «клеточных мембран» выполняли полупроницаемые стенки таких полостей. Первые протоорганизмы могли быть комплексами самореплицирующихся полимеров, распластанными по поверхности минерала с подходящей кристаллической решеткой — будь то алюмосиликатная глина, пирит или сульфид цинка (см.: A. Mulkidjanian, 2009. On the origin of life in the Zinc world: 1. Photosynthesizing, porous edifices built of hydrothermally precipitated zinc sulfide as cradles of life on Earth). Такие сценарии, как правило, предполагают, что протоклетки, окруженные липидными мембранами, поначалу играли роль расселительной стадии в жизненном цикле протоорганизмов, привязанных к гидротермальным источникам и минеральным кристаллическим матрицам. Появились эти расселительные структуры уже после формирования эффективных механизмов репликации РНК, а возможно, даже после появления рибосом и белкового синтеза.

Но есть и другие сценарии, предполагающие, что протоклетки с липидной оболочкой, способные к росту и размножению (см. рисунок), появились очень рано — еще до того, как молекулы РНК научились эффективно катализировать собственную репликацию (о рибозимах-полимеразах см. в новости Рибозимы могут размножать друг друга, «Элементы», 13.04.2011; другой способ взаимного размножения рибозимов — сборка больших молекул РНК из нескольких маленьких — описан в новости Тайна происхождения жизни скоро будет разгадана?, «Элементы», 12.01.2009).

Именно такой сценарий вот уже несколько лет разрабатывает американский биолог Джек Шостак, получивший в 2009 году Нобелевскую премию (правда, за другое, а именно за изучение теломер и теломеразы).

О первых важных результатах, полученных командой Шостака, рассказано в новости Искусственные протоклетки синтезируют ДНК без помощи ферментов, «Элементы», 09.06.2008. Пять лет назад Шостаку и его коллегам удалось получить протоклетки, внутри которых происходит неферментативная (т.е. спонтанная, идущая без участия белковых ферментов или рибозимов) репликация коротких однонитевых участков ДНК.

Для этого ученые преодолели немало препятствий. Им пришлось подыскать реалистичную замену нуклеотид-трифосфатам — стандартным «строительным блокам», из которых современные клетки строят молекулы ДНК и РНК. Нуклеотид-трифосфаты принципиально не могут проходить сквозь липидные мембраны (потому что несут слишком большой отрицательный заряд). Пришлось заменить их на нуклеотиды, активированные имидазолом: из них тоже можно синтезировать ДНК и РНК, они не так сильно заряжены и их абиогенный синтез не представляется невероятным. Пришлось также поработать над мембранами, чтобы они легко пропускали нуклеотиды, активированные имидазолом, и чтобы их химический состав был реалистичным с точки зрения пребиотической химии (подробности см. в вышеупомянутой новости).

Но все-таки протоклетки, синтезирующие ДНК, не могут считаться правдоподобной моделью первых организмов. Ведь ДНК — позднее приобретение. Геномы древнейших организмов были сделаны из РНК (или из другого, но похожего по своим свойствам полимера, который впоследствии был заменен на РНК). Поэтому Шостаку и его коллегам очень хотелось создать протоклетку, внутри которой шла бы неферментативная репликация РНК.

Сделать это оказалось непросто (см.: J. W. Szostak, 2012. The eightfold path to non-enzymatic RNA replication). Неферментативный матричный синтез РНК — реакция осуществимая, но для того, чтобы она шла с приемлемой скоростью, в среде должна быть высокая концентрация ионов Mg2+. В этом случае к растущей нити РНК присоединяется до 1,4 нуклеотида в час. Процесс идет медленно, но верно. Без ионов магния самое большее, на что можно рассчитывать, — это присоединение 0,03 нуклеотида в час. РНК — не настолько стабильная и долгоживущая молекула, чтобы позволить себе размножаться с такой черепашьей скоростью.

Проблема в том, что ионы магния безжалостно разрушают разработанные Шостаком и его коллегами замечательные, «пребиотически правдоподобные», проницаемые для нуклеотидов мембраны. Жирные кислоты, входящие в состав этих мембран, соединяются с Mg2+ и выпадают в осадок. Устойчивое существование протоклеток при концентрациях ионов магния, необходимых для эффективного синтеза РНК, оказалось невозможным.

Но это еще не всё. Ионы магния катализируют не только репликацию, но и распад однонитевых участков РНК. Поэтому в их присутствии еще неизвестно, успеет ли матричный синтез завершиться до того, как развалится матрица.

Кроме того, присутствие ионов магния повышает устойчивость двойных спиралей РНК (то есть температуру, при которой двойная спираль расплетается на две однонитевые молекулы). Это плохо, потому что для размножения РНК в отсутствие эффективных ферментов-полимераз очень важно, чтобы двойные спирали РНК разделялись без особого труда.

Итак, ионы магния необходимы для репликации РНК, но у них целых три негативных побочных эффекта: они разрушают мембраны, рвут однонитевые РНК, а двуспиральные РНК делают слишком тугоплавкими. Это заставило ученых задуматься о подборе хелатора, то есть такой молекулы, которая, соединяясь с ионом магния, обхватывала бы его, как клешня, и лишала некоторых каталитических свойств, сохранив нужные.

Авторы испытали множество хелаторов и обнаружили, что некоторые из них (в том числе цитрат, изоцитрат, оксалат и EDTA) эффективно защищают мембраны протоклеток от разрушения ионами магния.

Однако большинство из этих веществ лишило ионы магния также и способности катализировать репликацию РНК. Исключением оказался цитрат (анион лимонной кислоты): в его присутствии катализируемая ионами магния репликация лишь чуть-чуть замедлилась. Более того, цитрат полностью лишил ионы магния способности разрушать однонитевые молекулы РНК.

Установив эти факты, авторы перешли к решающему эксперименту. Они изготовили мембранные пузырьки — протоклетки с молекулами РНК внутри. К каждой однонитевой матрице заранее прикреплялся праймер — фрагмент комплементарной последовательности, образующий с матрицей двойную спираль (см. рисунок). При этом у матрицы оставался однонитевой хвостик, состоявший либо из нескольких нуклеотидов Ц (неферментативная репликация таких последовательностей идет быстрее всего), либо из чередующихся Г и Ц. Все молекулы РНК, оказавшиеся вне протоклеток, были тщательно удалены. Затем в среду, где плавали протоклетки, добавили хлорид магния, лимонную кислоту и нуклеотиды, активированные имидазолом.

Опыт удался: через 2–3 дня большинство однонитевых участков молекул РНК в протоклетках оказались полностью реплицированы, то есть молекулы стали целиком двуспиральными. В ходе работы авторы обнаружили, что репликацию можно ускорить, если не просто добавлять в раствор «пищу» (активированные нуклеотиды) по мере необходимости, а сделать систему проточной и удалять «отходы» (например, нуклеотиды, подвергшиеся незапланированному гидролизу) при помощи диализа.

Еще один небольшой, но приятный сюрприз ждал авторов, когда они проверили, не повлиял ли цитрат на температуру плавления двуспиральных РНК (которая, как мы помним, повышается в присутствии ионов магния). Оказалось, что температура плавления немного снизилась — с 75 до 71°C.

Таким образом, простейшая мера — добавление правильного хелатора — позволила преодолеть сразу несколько препятствий на пути к эффективной неферментативной репликации РНК в протоклетках.

Осталось понять, мог ли присутствовать абиогенно синтезированный цитрат в древних водоемах, служивших колыбелью зарождающейся жизни. До самого недавнего времени правдоподобные способы абиогенного синтеза цитрата не были известны. Ситуация изменилась в августе 2013 года, когда группа американских ученых сообщила о том, что им удалось найти реалистичный путь абиогенного синтеза щавелевоуксусной кислоты (оксалоацетата); см.: C. Butch et al., 2013. Production of Tartrates by Cyanide-Mediated Dimerization of Glyoxylate: A Potential Abiotic Pathway to the Citric Acid Cycle. От этого вещества до цитрата уже рукой подать (они соседи по циклу Кребса).

Однако авторы высказывают гипотезу, которая выглядит более интересной и глубокой, чем предположение о наличии абиогенного цитрата в «колыбели жизни». Роль хелатора, подавляющего негативные эффекты ионов Mg2+ и помогающего им катализировать репликацию РНК, могли взять на себя короткие пептиды, состоящие из нескольких аминокислот с отрицательно заряженными радикалами, таких как аспарагиновая кислота. Современные клеточные РНК-полимеразы имеют в своем активном центре ион магния, удерживаемый тремя остатками аспарагиновой кислоты. К тому же эта аминокислота часто встречается в метеоритах и легко образуется в опытах по абиогенному синтезу органики (таких как опыт Миллера, см.: Получены новые результаты старого эксперимента Стэнли Миллера, «Элементы», 20.10.2008). Наличие абиогенных аминокислот и простейших пептидов в «колыбели жизни» считается высоковероятным. С появления простых рибозимов, катализирующих соединение аминокислот друг с другом, скорее всего, началась эволюция белкового синтеза (см.: Тайна происхождения рибосом разгадана?, «Элементы», 27.02.2009). Авторы в настоящее время пытаются найти простые пептиды, способные помочь магнию катализировать репликацию РНК лучше, чем это делает цитрат. Пожелаем им успеха.

Источник: Katarzyna Adamala and Jack W. Szostak. Nonenzymatic Template-Directed RNA Synthesis Inside Model Protocells // Science. 2013. V. 342. P. 1098–1100.

См. также:
1) Jack W Szostak. The eightfold path to non-enzymatic RNA replication // Journal of Systems Chemistry. 2012. V. 3. P. 2.
2) Искусственные протоклетки синтезируют ДНК без помощи ферментов, «Элементы», 09.06.2008.
3) Тайна происхождения жизни скоро будет разгадана?, «Элементы», 12.01.2009.

Александр Марков


63
Показать комментарии (63)
Свернуть комментарии (63)

  • SysAdam  | 02.12.2013 | 10:11 Ответить
    Про кометы не очень понял. Они являются поставщиками аспарагиновой кислоты на Землю, а все остальные ингредиенты земные?
    Ответить
    • Sorrybeinglate > SysAdam | 02.12.2013 | 11:19 Ответить
      Там же написано: "К тому же эта аминокислота часто встречается в метеоритах и легко образуется в опытах по абиогенному синтезу органики" и дальше ссылка на опыт, в котором она образуется.
      Ответить
  • niki  | 02.12.2013 | 14:20 Ответить
    Спасибо. Очень интересно.
    Ответить
  • Combinator  | 02.12.2013 | 20:15 Ответить
    Я думаю, товарищи копают в правильном направлении...
    Ответить
  • ghost_in_machine  | 02.12.2013 | 22:55 Ответить
    И все же не то чем кажется. Для такой модели синтеза надо сделать одновременно (а это умножение оооочень маленьких шансов) две вещи - систему заряда тРНК и систему катализа синтеза пептида из этих 2-х заряженных тРНК. Если бы вопрос стоял синтеза пептида как такого, то это была бы простая реакция катализируемая рибозимом по синтезу именно такого пептида. Просто себе протоорганизм из набора специализированных рибозимов для синтеза нескольких отдельных пептидов - относительно легко достижимо и давало бы не слабый перевес в абиогенной еволюции. Наличие "генетического" кода изначально - это сильнейший аргумент в пользу именно креационизма. К примеру Бог не хочет создавать все идентичным, он создает шаблон и пускает его еволюционировать независимо на миллиардах планет получая миллиарды конфигураций без затрат энергии на мега-умысел: он не ленив, он оптимален...
    Ответить
    • feb7 > ghost_in_machine | 03.12.2013 | 00:03 Ответить
      Дорогой друг, в своей реплике Вы допустили сразу три ошибки.
      1-я.
      >> Для такой модели синтеза надо сделать одновременно (а это умножение оооочень маленьких шансов) две вещи - систему заряда тРНК и систему катализа синтеза пептида из этих 2-х заряженных тРНК.

      Вы невнимательно прочитали статью. В ней констатируется: "Наличие абиогенных аминокислот и простейших пептидов в «колыбели жизни» считается высоковероятным".

      2-я.
      >>Наличие "генетического" кода изначально...
      Дружище, с чего Вы взяли что генетический код изначально существовал? В данной статье описывается прием, с помощью которого можно оценить скорость репликации РНК - и только. То есть берется болванка, заготовка - и на ней замеряется упомянутая скорость, в присутствии ионов магния и без него. Затем скорости сравниваются, после из чего делается вывод об эффективности каталитического влияния. Содержание заготовки в данном эксперименте нас совершенно не интересует. Это содержание - цель других исследований. Научитесь для начала отделять зерна от плевел.

      3-я
      >>Наличие "генетического" кода изначально - это сильнейший аргумент в пользу именно креационизма.
      Для начала - первое из второго никак не следует. Равно как второе из первого. Ну никак.
      Второе, сделав такой вывод, вы фактически признаетесь в невежестве и неумении применять научный метод на практике.

      Принято из наличных фактов делать выводы, извлекая новую информацию. Вместо этого вы употребили ловкий прием, который в цирке называют престидижитатицей. Пытаясь с помощью престидижитации заставить нас думать, что "именно креационизм" без вариантов представляет собой единственную истину - Вы тем самым кладете голову на плаху, чтобы на вашу шею пала гильотина научного метода.

      Аминь.
      Ответить
      • ghost_in_machine > feb7 | 03.12.2013 | 00:45 Ответить
        Простите, коллеги, я вероятно высказался не удачно. Дело в том, что оценивать пытаюсь весь комплекс данных, а не одну отдельно взятую статью. И минимальный комплекс заключается в добавлении статьи о рибосомах, ссылка на которую в новости дана (http://elementy.ru/news/431013). У меня получается следующая картина из двух этих статей, поправите если что не так. Есть 2 энергетических (вероятностных) минимума как связать РНК и белок. Один – делать унифицированную платформу в виде генетического кода, второй – собрать несколько рибозимов на одной молекуле. Первый путь более сложный так как надо организовать не только синтез собственно пептидного эффектора, но и некий «генетический код», платформу на вырост. Но он несравненно продуктивнее для масштабной эволюции, чем кодирование генетической информации через 3Д структуру рибозима. Теперь вопрос, который отвечен в этой статье – сколько надо белков/пептидов чтобы получить бонус в предбиотической эволюции? Оказывается всего 2-3 и то примитивных. Возникает вопрос, как могла эволюция проскочить ловушку легкодостижимого кодирования генетической информации не в коде, а напрямую в структуре рибозима? Я усматриваю в этом *замысел*, а Вы?
        Ответить
        • feb7 > ghost_in_machine | 03.12.2013 | 00:53 Ответить
          А я вижу, как Вы, зафискировав шею в люнете гильотины, сами дергаете за веревочку спускового механизма.

          Вообще-то, когда индивидуум "усматривает" то, чего не видят другие, у профессиональных шутников, вроде меня, сразу появляются мысли об ЛСД или мескалине. Но я человек вежливый, и упоминать о такой возможности Вам не буду.

          Алилуйя.
          Ответить
          • ghost_in_machine > feb7 | 03.12.2013 | 01:01 Ответить
            Уважаемый коллега, вы пожалуйста или высказывайтесь по теме или я больше с вами общаться не буду. Мои прескрипшены не являються предметом этой научной дискусии.
            Ответить
            • feb7 > ghost_in_machine | 03.12.2013 | 01:15 Ответить
              Дорогой друг, продемонстрировав нам престидижитацию в своем первом посту, Вы однозначно указали, что у нас не научная дискуссия, а шапито.
              Лишая нас своего общества, Вы заставляете нас горько сожалеть об нереализованных возможностях еще чуток поржать над новыми репризами....как они теперь называются....прескрипшены?
              Ответить
        • Chyyr > ghost_in_machine | 03.12.2013 | 00:54 Ответить
          >Я усматриваю в этом *замысел*, а Вы?

          Полагаю, большинство биологов считает. что усматривать *замысел* - неспротивно. Потому что замыслом можно объяснить абсолютно все, включая то, почему у человек есть хвост, зачем рыбе зонтик и кто подставил кролика Рождера.

          Вы поставили очень интересный вопрос: "как могла эволюция проскочить ловушку легкодостижимого кодирования генетической информации не в коде, а напрямую в структуре рибозима?" Зачем же вы даете на него такой неинтересный и такой бесполезный ответ?
          А ведь там столько всего интересного: и правда, как именно проскочила? и проскочила ли? и ловушку ли?
          Ответить
          • ghost_in_machine > Chyyr | 03.12.2013 | 00:58 Ответить
            Потому что альтернативный ответ (я кстати почти не креационист) требует острой критики всего того шлака который публикуют в выводах к таким исследованиям :)
            Ответить
            • feb7 > ghost_in_machine | 03.12.2013 | 01:08 Ответить
              Браво, дорогой друг. "Почти не креационист" звучит даже более вдохновляюще, чем "почти не беременна".
              Что касается критики шлака, то тут я с вами солидарен. Шлака у нас предостаточно. Начиная с внезапно (перед выборами) замироточившей иконой сами знаете кого, кончая внезапно появившемся отражением золотых часов у человека, проповедующего смирение и воздержание.
              Ответить
              • Aab > feb7 | 03.12.2013 | 23:56 Ответить
                Сорри за прошлые дрязги.

                Мир?
                Ответить
                • feb7 > Aab | 04.12.2013 | 02:00 Ответить
                  Я ни с кем не ссорился.
                  Ответить
                  • Aab > feb7 | 04.12.2013 | 23:29 Ответить
                    Я был рад это прочитать.
                    Ответить
        • PavelS > ghost_in_machine | 03.12.2013 | 15:03 Ответить
          Моё пожелание: задавая вопросы, старайтесь не сыпать терминами из всех разделов науки в таких количествах. Сугубо ИМХО (я не специалист) вы их не вполне корректно используете, да и понятность сообщений снижается. Всё это смотрится как перетасовывание терминов, престидижитация.

          Ваш вопрос если сократить, звучит так. Если РНК в виде рибозимов могут катализировать реакции, в т.ч. и реакции синтеза белка, то возможен "мир РНК" - т.е. возможен этап развития жизни, при котором большинство процессов катализируются рибозимами, и на каждый процесс существует отдельный рибозим. Эта возможность общеизвестна. Суть вопроса: как произошел переход к белковой жизни и почему отбор этому способствовал.

          ИМХО ответ в том, что переход произошел далеко не сразу как только возникла жизнь, а отбор начал способствовать трансляции кода в белок лишь когда не слишком сложные белки исчерпали свои возможности, а синтезировать сложные белки отдельно от матрицы оказалось довольно сложным. Также первоначально коды были несложными (2-символьными) а механизм трансляции был простым и работал не очень надёжно. Это позволяло применять несложный рибозим в качестве рибосомы. В появлении такого рибозима нет ничего особо удивительного.

          Никакого замысла я тут не вижу.
          Ответить
          • ghost_in_machine > PavelS | 04.12.2013 | 00:13 Ответить
            Уважаемый PavelS, если Вы утверждаете, что некие термины использованы мною не корректно, то желательно указать хоть один пример с дефиницией термина противоречащей смыслу его использования.
            Касательно проблемы, то никто не оспаривает существование этапа эволюции РНК (ну или чего-то на нее похожего) как первичного этапа происхождения живого. Суть в том, что эволюция таких РНК систем выглядит несравненно более вероятной чем то, что получилось в итоге. Идя навстречу Вашим пожеланиям попробую изложить другими словами. Суть парадокса - несколько белковых молекул (чего достаточно для отбора) проще синтезировать без генетичесого кода, напрямую. Однако имеются множественные свидетельства первичности именно кода. По аналогии с программированием, не имея ничего сложить 2 числа проще на ассемблере, но почему-то сразу появился компилятор достаточно высокоуровнего языка и уже потом появилась возможность складывть числа. Так как-бы не должно было бы быть.
            Ответить
            • PavelS > ghost_in_machine | 04.12.2013 | 00:40 Ответить
              > несколько белковых молекул
              > (чего достаточно для отбора)
              > проще синтезировать без генетичесого кода, напрямую

              Я полагаю что вы тут ошибаетесь. Если надо синтезировать полипептид хотя бы из десятка пептидных (аминокислотных) звеньев хотя бы с малейшей избирательностью, то ИМХО вы замучаетесь, но не подберёте рибозим, катализирующий синтез этого полипептида. У рибозимов слишком низкая избирательность, им в большинстве случаев нет разницы, в каком порядке клеить кирпичики. Для белков же нужно синтезировать весьма длинные аминокислотные цепи с высокой избирательностью и с большим количеством повторяющихся или просто комплиментарных участков. Иначе укладка белка в структуры высокого порядка работать не будет. Получается, рибозимы без кодовой матрицы весьма ограничены и что тут ни делай, эволюция тут далеко не убежит. Получается, что на этапе "мир РНК" мы не имеем белков, а лишь короткие полипептидные огрызки, которые хоть и состоят из тех же кирпичиков что и белки, но белками их называть не принято - белками называют длинные цепи, имеющие возможность укладываться в сложные 3-мерные структуры. Так что белковая эволюция тут по этому пути идти не может, для перехода к белкам требуется появление особого рибозима - рибосомы.

              > cразу появился компилятор достаточно высокоуровнего языка

              Так не сразу же!!! Очень не сразу.

              Всё выше - домыслы неспециалиста.
              Ответить
              • ghost_in_machine > PavelS | 04.12.2013 | 00:57 Ответить
                В том то и суть, в стать которую мы обсуждаем показано что пептида из пары-тройки остатков достаточно для стимуляции репликации такого рибозима. Кроме того синтез не обязан быть 100% точным, мы даже считаем что изначально он был очень даже не точным. А не очень точный синтез +/- регулярного фрагмента пептида в 2-3 остатка рибозим сможет организовать без всякого кода.
                Ответить
                • PavelS > ghost_in_machine | 04.12.2013 | 01:10 Ответить
                  1) В статье говорится про лимонную кислоту, пептид лишь в планах. Аккуратней!
                  2) Никто не сказал, что именно полипептид использовался на заре существования жизни для катализации репликации РНК. По мне так это лишь версия, и то не очень правдоподобная. Я считаю более вероятным не полипептид, а другой рибозим.
                  3) не называйте полипептиды из 2-3 остатков белками, это опять же неаккуратный термин. Да, 2-3 кусочка возможно ещё и получится соединить правильно, а соединить сотню без 99.9% брака - не выйдет. Впрочем, даже тезис что 3 кусочка сможете соединить без кода - я считаю очень спорным. Точнее, 99% брака - это не есть "не очень точный синтез", это просто фиаско и смерть всему живому.
                  4) Даже если применялся полипептидный хелатор из 2-3 звеньев, то эволюция не могла на этом останавливаться. Он слишком медленный. А всё что длиннее без матрицы с кодом не сделать.

                  ИТОГО: полипептидный хелатор вероятно что годится как промежуточный этап, но никак не годится как окончательный.
                  Ответить
          • Aab > PavelS | 04.12.2013 | 00:21 Ответить
            == Суть вопроса: как произошел переход к белковой жизни и почему отбор этому способствовал. ИМХО ответ в том, что переход произошел далеко не сразу как только возникла жизнь, а отбор начал способствовать трансляции кода в белок лишь когда не слишком сложные белки исчерпали свои возможности, а синтезировать сложные белки отдельно от матрицы оказалось довольно сложным. ==

            Угу. Я б дополнил, что тут без "костылей" не обошлось. Что-то, какие-то малые молекулы связывали мир нуклеотидов и мир пептидов (ИМХО). Возможно, их роль менялась со временем, и даже, возможно, некоторые сошли со сцены. Но цианид-ион всё ещё представлен в структуре витамина В-12, есть он и в составе амигдалина (может, ещё где). А карбонилсульфид - уже чистый яд, но так было, возможно, не всегда:

            http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ja056036e
            Ответить
            • ghost_in_machine > Aab | 04.12.2013 | 00:50 Ответить
              Уважаемый Aab, это же аргумент в пользу парадокса. В смысле должны быть свидетельства эволюционной петли, как вы говорите "костыли". Касательно же ссылки то вступает в силу вопрос количества субстрата, простых(неактивированных) молекул ведь много больше. Значит с ними проще работать, больше шансов научиться преобразововать их напрямую рибозимами.
              Раз уж Вы похожи на человека знакомого с проблемой можно попробовать поговорить более абстрактно. Я так цепляюсь за синтез белка исключительно потому, что это самая сложная нестыковка, требующая умножения в лоб двух очень маленьких вероятностей. Этим перечень нестыковок разумеется не исчерпывается, без сомнения Вы сможете привести много других (более слабых) примеров если захотите. Но я не о том. Вам никогда не казалось что креационизм и эволюцию как мы ее сейчас понимаем можно очень просто померить простым предположением что мы жизнь v 2.0, а уже как именно мы произошли от РНКовой v 1.0 вопрос скорее теософский. Или у Вас есть основания считать, что подобной нам сложности организации невозможно получить в РНК only организме?
              Ответить
              • feb7 > ghost_in_machine | 04.12.2013 | 01:59 Ответить
                Дорогой друг, потому то вы и цепляетесь за синтез белка, что это с вашей точки зрения - самое слабое место. Однако, для объяснения предбиотических явлений (после открытия каталичической активности РНК) без белка можно спокойно обойтись.
                Что касается остальных утверждений:
                1. Как можно "померить" креационизм? Мне кажется, только идиотизмом.
                2. Высасывание не подтвержденных практикой предположений (путь даже и простых) из пальца есть шарлатанство.
                3. Попытка притянуть теософию для объяснения перехода от РНК-мира к ДНК-миру есть результат употребления веществ посильнее ЛСД. Вы там в ладан, случаем, не героин ли добавляете, раз считаете возможным нести во всеуслышание подобную бредятину?
                Ответить
                • Rattus > feb7 | 24.04.2014 | 15:15 Ответить
                  Как было бы прекрасно, если бы всё было именно так.
                  Но в сухом остатке всего что мы сейчас имеем и что строго и детально перечислено Е.Куниным в последних главах "Логики Случая" - либо рибозим-репликаза должен иметь длину не более сотни н.п. (в самом оптимистическом случае!), либо придется абиогенез объяснять только антропным принципом ("слабым", разумеется) , или как сам автор склонен его называть - "ошибкой наблюдателя". На базе бесконечности мультиверса и с неизбежным следствием в виде одиночества в Наблюдаемой Вселенной.
                  А если принять во внимание, что рибозимы куда лучше катализируют транспептидацию, чем собственную репликацию (которую, правда, удалось боле-мене стабилизировать на льду в конце прошлого года - но опять это всё работает далеко за 100 нуклеотидов), то необходимость возникновения сразу трансляции заиграет новыми красками...
                  "Нередуцируемая сложность" - совсем не такой простой орешек, как может порой казаться. :[
                  Ответить
              • Aab > ghost_in_machine | 10.12.2013 | 23:42 Ответить
                == В смысле должны быть свидетельства эволюционной петли, как вы говорите "костыли". ==

                Что значит "эволюционная петля"?

                В статье из JACS показана возможность синтезировать полипептиды мягко в водных условиях; при этом должны получаться смеси всевозможных полипептидов из набора имеющихся в среде аминокислот. Смешанный циклический ангидрид нестабилен, легко гидролизуется, но какое-то время живёт в водной среде. Однако он же и получается легко из аминокислоты и COS. То есть такой протокол способен поставлять наборы полипептидов в протоклетку (или в протоклетке); если есть некие механизмы в протоклетке по транспорту аминокислот и полипептидов через мембраны, то это уже наложение некоего ограничивающего условия на свободную диффузию. Это наложение небольшого ограничения на комбинаторику стихийного образования полипептидов. Если есть (не открытые пока или/и неизвестные мне) механизмы гидролиза полипептидов (слабо-экзотермический процесс), то на базе такого гидролиза уже можно мыслить ещё дополнительные ограничивающие условия на комбинаторику.

                Смешанные ангидриды кроме того, способны раскрываться, давая смешанные ангидриды с H2P2O7(2-) или с остатком такового на аденозине. (Интересно, почему ничего не написано про ацилирование фосфатных остатков на других буквах ДНК/РНК кода...) Это перекидывает информационную связь нуклеозид-аминокислота. Если ацилирются не отдельные нуклеозиды, а их короткие цепи, то при связывании с комплиментарными участками более длинных РНК возможна уже передача информации от РНК к пептиду, если зафиксированные на комплиментарной РНК ацилированные короткие РНК-цепи способны КАКИМ-ТО образом отщеплять ацильные остатки аминокислот, собирая из них полипептид. Если получающиеся полипептиды приносят пользу протоклетке или вред ей (помимо бездействия, само собой), то тут уже появляется перспектива для дарвиновской эволюции.

                Так что я думаю, что слово "костыли" я более-менее корректно употребил: поиспользовали, усложнились-развились, отбросили.

                == Касательно же ссылки то вступает в силу вопрос количества субстрата, простых(неактивированных) молекул ведь много больше. ==

                В старые добрые времена вулканы активно выбрасывали COS, гидролизуется он медленно, недостатка в нём не было бы.

                С аминокислотами и рибозимами не проще работать в том смысле, что реакции получения амидной связи из аминогруппы и карбоксильной группы с отщеплением воды требует подвода химической энергии (из-за своей эндотермичности), получение связи фосфат-сахар через кислород требует того же потому же. Но подвод химической энергии, скажем приснопамятным COS, осуществляет определённую информационную организацию в системе, вероятно,- малополезную в основном, а скорее вредную или бесполезную. Для привнесения правильной информации, для предорганизации субстратов перед сшифкой, как раз примитивные рибозимы и не помешали бы.

                == Но я не о том. Вам никогда не казалось что креационизм и эволюцию как мы ее сейчас понимаем можно очень просто померить простым предположением что мы жизнь v 2.0, а уже как именно мы произошли от РНКовой v 1.0 вопрос скорее теософский. ==

                Я сам не совсем чтобы материалист. Я гностик. Моё мировоззрение таково, что я считаю, что возникновение жизни обошлось без высших сил: они работали на гораздо более ранних стадиях. Однако я тут это обсуждать не буду: не хочу быть немного беременным... :/

                == Или у Вас есть основания считать, что подобной нам сложности организации невозможно получить в РНК only организме? ==

                Моей компетенции недостаточно, чтобы строить догадки на этот счёт, извините.

                PS Вот тут можно обсудить нематериальные аспекты вопроса: http://www.cirota.ru/forum/view.php?subj=55251&message=3785793#3785793

                PPS Прошу прощения за задержку с ответом :(

                PPPS Кстати, в связи с тем, что именно COS такие вещи вытворяет: появляется перспектива для циклам и графам реакций по сероводороду для циклам и графам реакций по СО2.
                Ответить
                • ghost_in_machine > Aab | 21.12.2013 | 01:16 Ответить
                  Спасибо за ответ. Я понимаю вашу идею, но не могу принять столь антопо-/гео- центрические гипотезы, ну мир же большой, нельзя же так фокусироваться на одной его точке :).
                  Спасибо за ссылку, посмотрю.
                  P.S. Не бойтесь быть немного беременным новыми идеями, бойтесь зациклиться на "установленных фактах".
                  P.P.S. Я посмотрел форум и не рискнул регистрироваться. Хотелось бы пообщаться больше в формате наукообразной дискуссии а не теологической нетерпимости. Но знаете занятный факт - на форуме нормально и не единажды рассматривается идея, что люди могут создавать более примитивную жизнь в иллюстративных целях Творца\Бога\whatever, но идея что мы сами есть та самая примитивная форма созданная в образовательных целях Творца кем-то еще вообще не упоминается... о вложенных итерациях этой идеии я вообше промолчу. Забавные мы существа, не находите?
                  Ответить
                  • feb7 > ghost_in_machine | 15.01.2014 | 16:18 Ответить
                    Ответ на PS. Если не опираться на установленные факты, то на что тогда опираться? На бред под действием лсд? Полноте! Дорогой друг, ваша зацикленость на идее интеллиджент дизайн очевидна, но вас это не беспокоит. Зато забеременеть иной теорией, кроме интеллиджент дизайн, вы не в состоянии, поскольку, как мы уже убедились из Ваших же постов, Вы не владеете научным скептицизмом. Для вас все "очевидно". Вы бесплодны. Вот это вас не беспокоит?

                    Ответ на P.P.S. Химической (и биохимической) реакции безразлично, где происходить. На астероиде, на молодой протоземле, в холодном молекулярном облаке в глубинах космоса, в пробирке лаборанта. Если ей созданы условия, она произойдет. При этом наши с вами разглагольствования об образовательных целях творца ей глубоко по принципу Ле Шателье. Ваша сказочка про молодого лаборанта, который, выполняя задание профессора, синтезировал жизнь в пробирке и тем самым уподобился Господу Богу, так же забавна, как аристотелева сентенция "природа не терпит пустоты" при объяснении работы гидравлического насоса.
                    Будет ли упомянутый лаборант творцом жизни? Да. Столько раз, сколько у него эта жизнь в пробирке "заработала". Будет ли он Творцом? Нет. Потому что опыт задумал его профессор, а лаборант лишь исполнитель. Будет ли Творцом профессор? Нет. Потому что профессор не ставил перед собой задачу стать Господом Богом, а хотел проверить свою научную теорию.
                    Отличие Господа Бога от лаборанта (и профессора кстати) в том, что опыт можно (и нужно - для подтверждения феномена) воспроизвести в других коллективах, сколько угодно раз, причем с немного изменяющимися внешними условиями. И потом заявить, что для возникновения жизни на молодой Земле требовался вот такой диапазон условий, при этом всуе не притягивая сказочку о Господе Боге за уши.

                    Аминь и алилуйя.
                    Ответить
        • PavelS > ghost_in_machine | 04.12.2013 | 00:51 Ответить
          Неточностью к примеру является то, что вы смешиваете понятия энергетического и вероятностного минимума. Тут это вообще неуместно.
          Ответить
          • ghost_in_machine > PavelS | 04.12.2013 | 01:03 Ответить
            Ах вот на каком языке вы говорите :). ОК, термоинамическая система имеет максимальный шанс обнаружения ее в точке конфигурационного простраства с координатами, которые соответсвуют минимуму энергии, чем дальше от минимума тем меньше шансов найти ее в даной точке, что не так? Или вы не считаете термодинамику применимой к описантю эволюции?
            Ответить
            • PavelS > ghost_in_machine | 04.12.2013 | 01:30 Ответить
              Я тут не хочу вдаваться в детали про термодинамику. Я математик по образованию, по профессии - программист. Я умею находить ошибки в чужих суждениях. Но не люблю это делать - это требует много усилий. Предпочитаю заставлять других сразу оформлять свои мысли четко, ясно и просто, так что ошибки становятся видны сразу. Вы же сыпете терминами, без которых отлично и легко можно обойтись. Не делайте так. У меня ощущение, словно вы пытаетесь казаться более образованными, чем оно на самом деле, а заодно перегрузить мозги других людей излишком умных слов. Это раздражает.

              Про термодинамику снова. Энергетический минимум для воды - это лёд. Кристалл льда. Но вероятность застать воду в живом организме в застывшем виде в форме одного кристалла - такая вероятность не велика. И не надо думать, что вода эволюционирует в сторону замерзания. Я могу объяснить природу этого парадокса. Но к рассматриваемому вопросу это не имеет никакого отношения и я так делать не буду. Так что давайте про термодинамику больше не будем. Это я и называю "не усложнять".
              Ответить
              • ghost_in_machine > PavelS | 04.12.2013 | 01:54 Ответить
                о! Вы математик, а я биолог, очень приятно... знаете для биологов математика то же самое что для математика биологоя - на вашем языке я увы разговаривать не умею :). Теперь миф про моей большей образованости поблек? Я просто искал общий язык и не угад считая вас неким физиком/программистом. Вот Ваше предложение "не усложнять" выглдит идейно - интересный мне вопрос я уже задал, остальное (вкулючая термодинамику) абсолютно не важно.
                Ответить
                • feb7 > ghost_in_machine | 04.12.2013 | 02:04 Ответить
                  Дорогой друг, после вашего утверждения, что переход от РНК-мира к ДНК-миру есть вопрос теософский, вы такой же биолог, как я епископ.
                  Ответить
                • Анатолий > ghost_in_machine | 28.12.2014 | 17:14 Ответить
                  Уважаемый, ghost_in_machine, если Вы биолог, то объясните, что обозначает в молекулярной биологии выражение "узнает", то есть как одна молекула "узнает" другую молекулу? Какие процессы происходят во время "узнавания" в молекулах? Как только Вы на этот вопрос дадите верный ответ, Вам станет понятной не только биология, но и математика.

                  И теперь вопрос математику. Можете ли Вы указать объективно существующий в природе оператор умножения? Человек умножает 2 на 3 легко, а сможет хотя бы что-то в природе, что умножит любую объективно существующую за этими числами реальность? Если Вы ответите на этот вопрос, Вы сразу поймете биологию.
                  Ответить
    • PavelS > ghost_in_machine | 03.12.2013 | 00:05 Ответить
      Я очень плохо понял ваши мысли. Фраза "генетический код" предполагает некоторое соответствие, что кодам соответствует что-то другое. К примеру, коду соответствует белок. Первоначально же по всей видимости никаких кодов не было. Белки не кодировались на матрице РНК. Эпоха рибосом и синтеза белка на матрице РНК судя по всему началась заметно позже.
      Ответить
  • PavelS  | 03.12.2013 | 00:18 Ответить
    Мне вот что кажется нелогичным, непонятным. Зачем авторы исследования цитрат пытаются заменить на белки (пептиды). Это сейчас у нас белковая эпоха и это сейчас в клетке все функции, которые только можно, выполняют белки. Им же было б лучше получить РНК-хелатор. Тогда РНК размножает РНК. Парочка РНК молекул могла бы дальше неограниченно размножаться и эволюционировать. Белки вообще не нужны. А если катализатор размножения строится на основе генетической инфомарции РНК - вот она и база для эволюции, что чем удачней РНК-код, тем быстрее он размножается.

    В случае же пептида-хелатора - все РНК равны между собой, и мутации в РНК не отсеиваются отбором. Нет вообще никакой стартовой точки для эволюции, т.к. где нет отбора - эволюция отсутствует.
    Ответить
    • feb7 > PavelS | 03.12.2013 | 00:43 Ответить
      Дружище, самое главное в этой статье - показано, что хеларатор устраняет проблему "волков и овец", делая первых сытыми, а вторых целыми, что и является прорывом.

      Ну и пусть теперь они ищут разные виды хеларатора. Может, цитрат так и останется в единственном числе, а может оказаться, что этих хелараторов ионов магния пятнадцать или двадцать - мы пока этого не знаем! ))))
      Однако, в случае второго варианта у нас появится выбор - сообразить какой из хелараторов избрала природа.

      Не забывайте, что в статье указана возможность и "безлипидной преджизни", когда репликация РНК идет в порах кристаллических пород гидротермальных источников.

      В науке отрицательный результат тоже результат. Если окажется вдруг, что путь, предложенный в этой статье безперспективен, ну чтож, начнутся поиски других путей.....только и всего.
      Ответить
      • PavelS > feb7 | 03.12.2013 | 00:46 Ответить
        Тут подумалось, что пептидный хелатор тоже хорош, но если заменить РНК на Peptide nucleic acid - то будет вообще великолепно. Только это будет ПНК-жизнь. Которая, кстати, тоже могла быть ещё до РНК.
        Ответить
        • feb7 > PavelS | 03.12.2013 | 01:24 Ответить
          Вы правы, звучит заманчиво. Но наверняка мы этого пока не знаем. Посему давайте не будем высасывать из пальца вероятные возможности, а подождем новых сообщений.
          Ответить
  • feb7  | 03.12.2013 | 14:52 Ответить
    Мне хотелось бы, в качестве офтопа, подводя итоги перепалки с посетителем под ником Бог-из-машины высказать свое мнение об этих веселых ребятах, которые себя называют креацианистами. Много их на моей памяти на этот сайт набегало, причем все пребывали в твердой уверенности, что сейчас они скажут такое, от чего мировая наука, и биология, в частности, немедленно примут как непреложную истину креационизм в качестве мировоззрения.
    Лично я получаю немало лулзов, наблюдая, как эти наивные младенцы искренне обижаются, когда их начинают размазывать по асфальту. Неужели они ВСЕРЬЕЗ думают, что их мировоззрение подлежит какому-то обсуждению?
    Ответить
    • PavelS > feb7 | 03.12.2013 | 15:29 Ответить
      Так им же не нужно переубедить ученых. Им достаточно просто посадить побольше сомнений в сознании обывателей. А дальше многие люди будут "голосовать сердцем" в пользу религии. В т.ч. голосовать и по финансовым вопросам.
      Ответить
      • feb7 > PavelS | 03.12.2013 | 17:34 Ответить
        Вот тут вы правы. Недавний разгром российской науки как раз и явился результатом набега и закрепления во властных структурах обывателей. Сейчас там находятся не самые компетентные, а самые преданные сами знаете кому. К тому же бывшую совковую идеологию нужно было чем-то заменить, исходя из известной теоремы, что вакуума идеологий не бывает. Однако наше руководство, вместо того, чтобы идти по дороге прогресса, пошло по тропинке насаждения махровых суеверий, от которых прогрессивное человечество отказалось еще в семнадцатом веке. В результате наша несчастная Родина стремительно превращается в нефтяной придаток Европы. Что будет с нами, когда нефть закончится (уже через 15-20, ну 30 лет) нетрудно предсказать. Промышленности нет, науки нет, сельского хозяйства нет. Не будет и России.
        Ответить
        • nicolaus > feb7 | 03.12.2013 | 18:27 Ответить
          На самом деле, в том, о чем Вы здесь пишите, виноваты сами ученые - не смогли понять, что происходит с нашей наукой и вообще с нашим обществом, не смогли убедить общество, не смогли выработать соответствующие воздействия. Объяснение этому простое – просто ученым хочется заниматься тем, что нравится, а не тем что нужно для общества. (Последнюю фразу я вычитал здесь, в Элементах).
          Ответить
          • Angl > nicolaus | 03.12.2013 | 19:11 Ответить
            А с какой стати наука должна помогать обществу? Может, но не обязана.
            Помните, как у Стругацких?
            "Сроду писатели не врачевали никаких язв, - возразил Изя. - Больная совесть просто болит, и всё..." Так же и с наукой.
            Ответить
            • nicolaus > Angl | 03.12.2013 | 21:04 Ответить
              Согласен. Не должна.
              У меня есть гипотеза. Я ее называю «информационной гипотезой этносов». Эта гипотеза очень простая. Между людьми существуют притяжение, если они понимают друг друга. Т.е. тратят на общение минимум энергии. И наоборот, отталкивание, если не понимают. Понимание достигается в результате того, что внутренние мировоззренческие модели у этих людей близки друг другу. Этим свойством обладают этносы за счет общей культуры. Этим свойством обладают члены научного сообщества. С этой точки зрения научное сообщество можно рассматривать как своего рода этнос. Любой этнос имеет свойство дистанцироваться от другого и строить границы.
              Ответить
          • feb7 > nicolaus | 03.12.2013 | 20:00 Ответить
            Дружище, Вы в корне не правы. Обязанность ученых - "делать науку" - получать новую иформацию. Это в обязанности политиков и руководителей входит обязанность принимать решения. Если принято решение разгромить науку за ненадобностью (это кто, министр образования и науки говорил, что математика НЕ НУЖНА, кажется?) - ни один ученый ничего сделать не сможет. Разве что увезти свои мозги за границу.

            С мой точки зрения, России такой министр не нужен, но...не я принимаю решение)))) Я только смотрю, как все катится в тартарары.
            Ответить
            • nicolaus > feb7 | 03.12.2013 | 20:42 Ответить
              Ни кто не принимал решение разгромить науку. Это ситуация развивается в соответствие со своими законами. Вы же не возмущаетесь, что ветер дует, дождь идет, огонь горит.
              Ответить
              • feb7 > nicolaus | 04.12.2013 | 01:36 Ответить
                Дорогой друг, вы путаете природные явления и административные решения. Если горение есть природное явление, то у административного решения есть фамиля, имя, отчество.
                Утверждая, что "никто" не принимал решения, вы не просто лукавите, вы нагло врете. Утверждая, что ситуация развивается по своими законами, вы не Второй ли принцип термодинамики имели ввиду, одним из следствий которого является утверждение, что если не затрачивать энергию на поддержание системы, система стремится к хаосу? В таком случае, управленцы проявляют преступную халатность.
                Ответить
                • nicolaus > feb7 | 04.12.2013 | 19:22 Ответить
                  feb7: «Дорогой друг, вы путаете природные явления и административные решения».
                  Я не отделяю человека от природы, общественные законы от «природных» законов. Разница лишь в том, что общественные законы являются более сложными, чем «природные». «Административные решения» это следствие общественных законов.

                  feb7: «Утверждая, что ситуация развивается по своими законами, вы не Второй ли принцип термодинамики имели ввиду, одним из следствий которого является утверждение, что если не затрачивать энергию на поддержание системы, система стремится к хаосу?»

                  Да. Человеческое общество также можно рассматривать с точки зрения законов термодинамики. К нему применима статистика.

                  Но вообще, я здесь хотел сказать другое. Согласно информационной гипотезы этносов, барьеры между этносами уменьшаются, если представители этносов общаются между собой. В данном случае под одним из этносов понимается научное сообщество, под другим - просто Российский этнос. Людей, которые интересуются наукой, немного. По статистике, не более 6%. Но они есть. Рейтинговые телепередачи в расчете на них не сделаешь. И если наука хочет иметь хоть какую то поддержку в обществе, то игнорировать интересы этих людей нельзя. В противном случае необходимо надеяться только на чиновников. При этом не надо обижаться на то, что чиновники ставят свои условия.

                  Прошу извинить за оффтопик.
                  Ответить
                  • feb7 > nicolaus | 05.12.2013 | 20:18 Ответить
                    >>>Я не отделяю человека от природы, общественные законы от «природных» законов. Разница лишь в том, что общественные законы являются более сложными, чем «природные». «Административные решения» это следствие общественных законов.
                    Да бросьте вы. Разница принципиальная. Законы Ньютона будут продолжать действовать, даже если Госдума их отменит в законодательном порядке. Потому что они фундаментальны, и чиновники это понимают.

                    Дело в том, что законы экономики тоже фундаментальны, но тут чиновники считают (или заблуждаются, или сильно лукавят - я подозрваю второе), что издав закон "об изобилии", можно немедленно сделать всех сытыми и здроровыми.

                    Я считаю, что именно по этой причине развалился Союз. Наши управленцы хором кричат, что виной тому были экономические законы, но при этом стыдливо умалчивают, что их управленческие решения шли в разрез с этими законами.

                    Абсолютно то же (в смысле некомпетентности управления) происходит сейчас в России. Ради желания построить еще одну дачку на Канарах и купить еще одну яхту - интересы России относятся управленцами не на десятый даже, а на сотый план. При этом, всех, кто критикует их деятельность, как управленцев, система безжалостно выпалывает - "стабильность" в их понимании - возможность еще пограбить.
                    Ответить
                    • nicolaus > feb7 | 06.12.2013 | 19:22 Ответить
                      feb7 «Абсолютно то же (в смысле некомпетентности управления) происходит сейчас в России. Ради желания построить еще одну дачку на Канарах и купить еще одну яхту - интересы России относятся управленцами не на десятый даже, а на сотый план…»

                      Я не думаю, что чиновники в общей своей массе обладают какой-то патологией. Скорее всего, никакого особого гена «коррупции» и гена «воровства» у них нет. Я думаю, что их поведение объясняется присутствием чувства справедливости. Это чувство является фундаментальным и закреплено в человеческих генах. Это подтверждают наблюдения за детскими коллективами. Например, маленькие дети без сожаления делятся едой и игрушками. А если дать распределить, например, яблоки, то распределяют их поровну.

                      Справедливость в нашей стране была очень грубо нарушена в ходе событий в 90-e годы. Чиновники просто стараются ее восстанавить, правда только в отношении себя. При этом у государства нет никакого морального права их наказывать, поскольку встает вопрос, а что делать с другой несправедливостью, которая в сто крат более несправедлива.

                      Некомпетентность управленцев в России была всегда. Однако с высот современной науки этот недостаток можно существнно уменьшить. В «Популярной Механике» была дискуссия на близкую тему, и я там высказывал идеи, как это сделать. Подключайтесь к дискуссии http://www.popmech.ru/article/7188-pererasti-sotsializm/ . Там можно обсудить.
                      Ответить
                      • feb7 > nicolaus | 12.12.2013 | 00:42 Ответить
                        Соглашусь с вами в том плане, что решения чиновников зачастую носят абсолютно "детский" характер, то есть сиюминутный, косметический, без учета последствий, без комплексного подхода, без стратегического плана и т.д.
                        Что касается "справедливости в отношении себя, любимого", этому в русском языке есть и другие синонимы - стяжательство, эгоизм, мещанство, алчность, бессовестность, коррупция.
                        "Государство", у которого "нет морального права" таких наказывать - это не государство.
                        Ответить
              • PavelS > nicolaus | 04.12.2013 | 02:03 Ответить
                Вам надо плясать от вопроса, чего хотят люди. Люди хотят есть, пить и приятных эмоций; есть ещё жажда власти и жажда понимания, но это есть лишь у немногих. Наука уже обеспечила уровень производства на уровне что можно есть и пить, не слишком сильно вкалывая у сохи. Теперь нужны эмоции. С этим в науке всегда плохо. Тут наука - лишь способ трансляции чужих эмоций через интернет. Наука не имеет жалости к чужим мечтам, и в науке не бывает такого что чья-то хотелка принимается из сострадания. По этой причине естественно, что наука уже сделала своё дело и более не поддерживается обществом. Обществу на данном этапе развития наука просто не нужна. Креационисты не то чтобы против науки борятся. Они борятся за свой внутренний комфорт, которому наука волей случая начала мешать.
                Ответить
              • Виктория Де Рао > nicolaus | 04.12.2013 | 09:34 Ответить
                Ага,конечно.Спросите об этом у Лопатникова:http://sl-lopatnikov.livejournal.com/
                Ответить
  • Hati  | 03.12.2013 | 22:34 Ответить
    Всё-таки, под репликацией обычно имеют в виду производство копий, идентичных или хотя бы похожих на исходную матрицу. В эксперименте из обзора идет матричный синтез РНК, но в результате получается молекула, комплементарная матрице и к тому же находящаяся с ней в двойной спирале. Таким образом, эта схема весьма далека от репликации РНК, ведь расплавить, при этом не разрушив, длинную двуцепочечную РНК (хотя бы 40-50 комплементарных взаимодействий) без хеликаз при нормальных температурах невозможно. Для использованного варианта матрицы (который был всего 20 нуклеотидов длиной) температура плавления оказалась больше 70 градусов. Даже если предположить, что можно придумать простую систему, выдерживающую подобный нагрев, то всё равно простейшие рибозимы имеют длину не менее 50 нуклеотидов, и их температура плавления в комплексе с комплементарной копией выше температуры кипения воды. К слову,в морской воде около 20 mM магния,а такому количеству цитрата неоткуда взяться; белков-переносчиков для магния неизвестно, а в репликационных ферментах магний прочно связан и играет структурную роль. Так что удачи им поисках магний-связывающий пептидов!!! :) (Синтез которых невозможен без появления PTC, а если есть рРНК, то зачем какие-то пептиды? - РНК отлично будет связывать магний и сайтов связывания там завались)
    Ответить
  • Aab  | 03.12.2013 | 23:13 Ответить
    "Авторы в настоящее время пытаются найти простые пептиды, способные помочь магнию катализировать репликацию РНК лучше, чем это делает цитрат. Пожелаем им успеха." op.cit.

    Sic!

    Вот небезынтересная статья 2006-ого года: http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ja056036e

    Только, конечно, [Fe(CN)6](3-) как убивающий HS(-) вызывает вопросы: откуда столько гексацианоферрата в те славные годы? Железо, вроде, тогда было в основном в степени окисления 2, кислорода в атмосфере не было...

    А новость из сабжа хорошая! Пойду позлю малохольных на один ПГМ-ный форум... А то что-то они мой пост 2006-ого года со ссылкой на указанную статью из JACS как-то тихо года 2-3 тому назад похерили. Вот черти! Заодно этой благой вестью из сабжа поделюсь.
    Ответить
    • Виктория Де Рао > Aab | 04.12.2013 | 09:38 Ответить
      Возьмите и меня пожалуйста с собой)))
      Ответить
      • feb7 > Виктория Де Рао | 05.12.2013 | 20:04 Ответить
        И меня в рейд возмите))) Обожаю троллить ПГМ-нутых
        Ответить
        • Aab > feb7 | 10.12.2013 | 23:02 Ответить
          И вас прошу прощения за длительную задержку с ответом... С другой стороны, пипл православный в реанимированную тему подтянулся!

          Вот: http://www.cirota.ru/forum/view.php?subj=55251&message=3785793#3785793
          Ответить
      • Aab > Виктория Де Рао | 10.12.2013 | 23:01 Ответить
        Прошу прощения за длительную задержку с ответом... С другой стороны, пипл православный в реанимированную тему подтянулся!

        Вот: http://www.cirota.ru/forum/view.php?subj=55251&message=3785793#3785793
        Ответить
  • olegov  | 04.12.2013 | 22:05 Ответить
    Вообще странно было предполагать что элементы будут катализаторами сами по себе а не в органической среде. Как минимум очевидно что абиогенный синтез предполагает постоянную подпитку органикой, иначе равновесие сместиться в сторону гидролиза, а значит все реакции должны идти в органической адсорбционной фазе. Мало того иону магния даже не обязательно быть в растворе достаточно быть в составе минерала на его поверхности чтобы быть катализатором. А наличия минералов внутри липидной оболочки вообще снимает проблему переноса магния через мембрану. Так что при всей значимости и полезности статьи, за которые хочется сказать отдельные спасибо Александру и авторам статьи, видно отсутствие системного подхода. Пытаются решить узкую проблему не рассмотрев даже возможности отсутствия проблемы как факта при иных построениях. А какая была бы красивая статья, если предусмотреть и синтез в адсорбционных пленках и формирование липидных оболочек вокруг микрошариков выпавших из пепла вулканов!
    Ответить
    • PavelS > olegov | 05.12.2013 | 01:21 Ответить
      В статье не решалась проблема переноса магния через мембрану, или я ошибся. Решалась проблема разрушения мембраны в связи с магнием.
      Ответить
  • Aab  | 05.01.2014 | 03:25 Ответить
    Интересно, а пойдёт такая реакция:

    Am-Sug-O-PO(OH)(O-) + COS + ImH = Am-Sug-O-PO(O-)-Im + H2S + CO2

    ?

    Ибо: _http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ja056036e
    Ответить
Написать комментарий


Элементы

© 2005-2017 «Элементы»