Создана молекулярная машина для сборки пептидов

Схематическое изображение молекулярной машины (сверху), и молекулярной машины со связанным с ней синтезированным пептидом (снизу). Рисунок из обсуждаемой статьи в Science.

Схематическое изображение молекулярной машины (вверху), и молекулярной машины со связанным с ней синтезированным пептидом (внизу). Рисунок из обсуждаемой статьи в Science.

Исследователи из Манчестера и Эдинбурга создали примитивный искусственный аналог рибосомы — ротаксановую наномашину, способную синтезировать пептиды заданного состава. Кольцевая молекула перемещается по линейной молекуле-матрице, состоящей из цепочки ароматических колец, к которым прикреплены аминокислоты, последовательно отсоединяя аминокислотные остатки от стержня и прикрепляя их к растущему пептиду. Если настоящая рибосома присоединяет 15–20 аминокислотных остатков в секунду, то у созданной наномашины на присоединение одного остатка уходит 12 часов.

Создание искусственных наномашин (они же — молекулярные машины) — популярная сегодня область биоинженерии. Уже разработано множество молекулярных машин, выполняющих самые разные задачи: роботы из молекул ДНК (Kyle Lund, et al, 2010. Molecular Robots Guided by Prescriptive Landscapes), искусственные наномоторы (Rienk Eelkema et al., 2006. Molecular machines: Nanomotor rotates microscale objects), манипуляторы, изменяющие конформацию определенных лигандов (Takahiro Muraoka et al., 2006. Mechanical twisting of a guest by a photoresponsive host), и множество других.

Молекулярные машины часто проектируются на основе ротаксанов — класса соединений, состоящих из молекулы гантелевидной формы («стержня») и «надетой» на неё циклической молекулы («кольца»). Линейная и циклическая молекула связаны без участия химической связи, чисто механически — так называемой топологической связью. Кольцу не дают соскользнуть со стержня утолщения на концах гантели (например, разветвлённая система из ароматических колец). Например, ротаксановые машины использовались для осуществления направленного транспорта капелек жидкости (José Berná et al., 2005. Macroscopic transport by synthetic molecular machines), а также для создания своего рода переключателей, срабатывающих при освобождении (в результате изменения pH) кольцом каталитического сайта, расположенного на оси ротаксана (Victor Blanco et al., 2012. A Rotaxane-Based Switchable Organocatalyst).

Именно такую архитектуру избрали для своей молекулярной машины, синтезирующей пептиды (короткие белки), авторы недавней статьи в Science. Кольцо (макроцикл, рис. 1, №3), способное передвигаться по стержню, несет на себе каталитический сайт (рис. 1, №4), который висит на кольце. Аминокислоты, которые должны будут присоединяться к растущему пептиду, прикреплены прямо к стержню — в определённом порядке и с определённым шагом (рис. 1, №2). (О том, как осужествляется прикрепление аминокислот к молекуле-стержню, авторы, к сожалению, умалчивают).

Рис. 1. Процесс синтеза молекулярной машины (1) из стержня, несущего аминокислоты (2), макроцикла (3) и терминального домена (5), не дающего кольцу (макроциклу) соскользнуть со стержня

Рис. 1. Процесс синтеза молекулярной машины (1) из стержня, несущего аминокислоты (2), макроцикла (3) и терминального домена (5), не дающего кольцу (макроциклу) соскользнуть со стержня. Кольцо закрепляется на стержне при помощи терминального домена, после чего к кольцу присоединяется каталитический домен R. Каталитический домен содержит в своем составе затравку для будущего синтеза. К аминокислотным остаткам и затравке присоединены блокирующие группы (Boc и Trt), после отделения которых машина начинает синтез. Изображение из обсуждаемой статьи в Science

Каталитический сайт представляет собой затравку (пептид из двух аминокислот) и каталитическую SH-группу. Конец затравки и конец SH-группы вначале закрыты блоком (эти блокирующие группы можно отделить специальной химической реакцией). Каждый аминокислотный остаток не дает кольцу двигаться дальше, пока каталитический сайт, расположенный на кольце, не отделит его от стержня и не присоединит к растущему пептиду. Как только с SH-группы каталитического сайта снимается блок, она вступает в реакцию трансацетилирования с фенольным эфиром первого аминокислотного остатка, оказавшегося на пути каталитического кольца (рис. 2). Аминокислотный остаток отделяется от стержня-матрицы и повисает на SH-группе в основании затравочного пептида. Чтобы занять свое место в пептиде, аминокислотному остатку нужно перескочить на свободный конец затравки (N-конец пептида). После этого освободившаяся SH-группа вступает в реакцию со следующим аминокислотным остатком. Так, постепенно продвигаясь по стержню, кольцо собирает аминокислотные остатки на своем пути, и продолжает синтез пептида, пока каталитическое кольцо не отсоединится от освобожденного конца стержня. После этого готовый пептид можно отделить от кольца реакцией гидролиза.

Рис. 2. Синтез пептида молекулярной машиной

Рис. 2. Синтез пептида молекулярной машиной. Встретив на своем пути препятствие — аминокислотный остаток — каталитическое кольцо останавливается, отсоединяет его от стержня-основания и добавляет к растущему пептиду. Достигнув конца стержня, кольцо соскакивает с него. Готовый пептид можно отделить от кольца реакцией гидролиза. Изображение из обсуждаемой статьи в Science

Чтобы получать пептиды таким методом в больших количествах, надо просто одновременно добавить в реакционную смесь большое количество ротаксановых наномашин (кольцо + стержень с аминокислотами), что, собственно, и сделали авторы статьи. Используя одновременно 1018 молекулярных машин, они получили миллиграммы пептида.

Проверка методами ЯМР и масс-спектрометрии подтвердила, что состав синтезированных пептидов точно соответствовал ожиданиям ученых. Полученный пептид получается очень чистым, потому что при таком методе синтеза у молекулярной машины фактически нет возможности совершить ошибку, выбрав неправильный строительный блок для продолжения синтеза.

Авторы работы сравнивают свою наномашину с рибосомой — природным молекулярным ансамблем для синтеза белка.

В живой клетке белки синтезируются рибосомами из строительных блоков (аминокислот) на основе матрицы — молекулы мРНК, несущей информацию о строении белка. Рибосома присоединяется к концу молекулы мРНК и двигается по ней, добавляя к растущему белку по одной аминокислоте на каждые три нуклеотида матрицы. Перевод информации с языка нуклеотидов на язык аминокислот осуществляется благодаря специальным адапторам — аминоацил-тРНК, каждый из которых несёт в своем составе определенный остаток аминокислоты и обладает свойством распознавать определенную тройку нуклеотидов мРНК. Прочитав три нуклеотида м РНК, рибосома получает однозначную информацию о следующем строительном блоке, нужном для синтеза.

Поскольку все необходимые для синтеза блоки (аминоацил-тРНК) присутствуют в клетке, рибосоме остается только ждать, когда в нее поступит нужный. Когда соответствующая аминоацил-тРНК попадает в А-сайт рибосомы и узнает нуклеотиды матрицы, присоединенный к ней остаток аминокислоты переносится на растущий белок, находящийся в P-сайте рибосомы. После этого рибосома сдвигается относительно мРНК на три нуклеотида, и ждет появления следующей необходимой молекулы аминоацил-тРНК. Когда рибосома проходит всю последовательность мРНК, из нее выходит закодированный в последовательности матрицы белок.

Каталитическая субъединица молекулярной машины так же направленно движется вдоль стержня, как и рибосома вдоль мРНК, и синтезируемый пептид так же удлиняется по ходу этого движения. Принципиальное отличие от рибосомы состоит в том, что молекулярной машине не нужно, прочитав инструкцию, ждать появления подходящей детали: детали разложены прямо перед ней в правильном порядке, и ей остается лишь подобрать их и соединить в цепочку. Таким образом, в данном случае речь не идёт о каком-либо переводе информации с одного языка на другой, как это происходит при природном синтезе (язык нуклеотидов — язык аминокислот).

Другое важное отличие от рибосомы — очень большое время, уходящее на реакцию синтеза пептида: 12 часов на присоединение каждого аминокислотного остатка (а клеточные рибосомы присоединяют 15–20 остатков в секунду!) — то есть разница в эффективности с настоящей рибосомой составляет 650–870 тысяч раз.

Заметим, что особого практического значения работа на данный момент не имеет. Для искусственного синтеза пептидов обычно используется твёрдофазный синтез, который занимает значительно меньше времени: до 10–15 минут на образование одной пептидной связи (по сравнению с 12 часами в случае ротаксановой машины). Тем более, синтез значительно усложняется, если приходится сначала синтезировать стержень с аминокислотами, а потом уже проводить реакцию собственно синтеза пептида.

Тем не менее в статье впервые разработан пептидный синтез при помощи наномашины. Создание ещё одной наносистемы с требуемыми свойствами и функциями показывает большие возможности молекулярных машин для синтеза в том числе природных полимеров. Кроме того, как отмечают авторы, предложенный в статье метод позволяет синтезировать пептид высокой степени чистоты.

Источник: Bartosz Lewandowski, Guillaume De Bo, John W. Ward, Marcus Papmeyer, Sonja Kuschel, María J. Aldegunde, Philipp M. E. Gramlich, Dominik Heckmann, Stephen M. Goldup, Daniel M. D’Souza, Antony E. Fernandes, David A. Leigh. Sequence-Specific Peptide Synthesis by an Artificial Small-Molecule Machine // Science. 2013. V. 339. P. 189–193.

Юлия Кондратенко


64
Показать комментарии (64)
Свернуть комментарии (64)

  • Aab  | 04.02.2013 | 20:47 Ответить
    Что хотели продемонстрировать аффторы? Что так можно жить и работать? Можно, конечно. Но я не вижу никакого смысла в проделаном им адском труде, разве что иметь в виду химические фокусы. Тогда - да. Красиво, не спорю. Но - не более того. Тупиковый путь. По нему нельзя получить полипептид со 100 аминокислотными остатками (угадайте, почему); да и даже с 10-ю - сомнительно, что сработает. Кроме того, что потом делать с отработанным фенолом? В слив? А не жирно будет?

    Наверное, я упускаю некий глубокий философский момент этого подвига. Может, кто разъяснит мне, "что с этого будет нашему колхозу?" (С) С.Шноль
    Ответить
    • Скеп-тик > Aab | 05.02.2013 | 09:59 Ответить
      Ну, когда Джобс и Ко в одном гараже, а Гейтс в другом создавали "железные" и программные (с мышкой) игрушки, никто не думал о информационной революции. Вот и эти - играются. А технологии - нарабатывается.
      Ответить
      • Rattus > Скеп-тик | 05.02.2013 | 13:23 Ответить
        >Ну, когда Джобс и Ко в одном гараже, а Гейтс в другом создавали "железные" и программные (с мышкой) игрушки.

        Прошу: не надо путать "создали" и "выкупили по дешёвке" или "присвоили". Во имя Ксерокса и IBM.
        Ответить
      • Aab > Скеп-тик | 05.02.2013 | 20:39 Ответить
        Судя по сложности конструктов, у людей руки растут из правильного места, и мастерство этих самых рук сомнений не вызывает. Мне интересно, откуда растёт голова? В чём "эзотерический" смысл работы?

        Методы сборки полипептидов достаточно неплохо разработаны. Можно использовать как линейную (последовательную), так и конвергентную сборки - в зависимости от задачи. Можно обратиться к синтезу на подложках. Везде есть свои плюсы и минусы. (Не вдаюсь в конкретику.)

        Есть некоторый набор общих принципов в химии вообще и в пептидном синтезе в частности. Например, есть принцип экономии строительных лесов, чтоб в отвал шло как можно меньше оных после того, как они сыграли свою роль (иногда эти леса можно регенерировать и снова пустить в дело). Здесь этот принцип грубо нарушен. Должно быть, цель была не просто в оправдании средств, раз люди столь откровенно положили с прибором на этот принцип.

        Они осуществляют сборку полипептида по принципу голова-к-хвосту. Внутримолекулярная нуклеофильная атака NH2-группы по группе R-CO-S-R' осуществляется через макроциклическое переходное состояние, а чем больше звеньев в таком цикле, тем хуже будет идти процесс (опускаю подробности). Опять же - зачем так? Для трипептида - проканало (и то 12 часов - много), а для декапептида - не уверен, ох, не уверен... Должно быть, цель была не просто в оправдании средств, раз люди столь откровенно положили с прибором и на это обстоятельство.

        ...Вот я и нэпонымаю... Если просто играются, да ещё за счёт "многострадального" налогоплатильщика, то можно придумать игру подешевле, я думаю. Но, может, я, на самом деле чего-то действительно не понимаю. Вот и хотел узнать у прихожан данного ресурса, что они думают.

        Спасибо Вам за ответ. Но моя благодарность Вам - чисто формальная, не взыщите :(
        Ответить
    • feb7 > Aab | 07.02.2013 | 07:55 Ответить
      Могу напомнить, что когда Майкл Фарадей демонстрировал зрителям свою игрушку - стальной шарик, плавающий в ртути и вращающийся в магнитном поле под действием проходящего через него тока, никто из присутствующих и представить не мог, что эта "игрушка" через некоторое время станет основой энергетики цивилизации.

      Эолипил Герона Александрийского ждал своего часа восемнадцать столетий, все это время считаясь красивым фокусом. Однако в 1884 Парсонс постоил свою первую турбину.

      Можно, конечно, относится к работе авторов с мещанской снисходительной ухмылкой: "а что это положит в мой карман?". Однако, напомню, прогресс осуществляют не мещане, а Героны, Фарадеи, Парсонсы, Герцы и Яблочковы. А мещан История не помнит.
      Ответить
      • Валя Гриневич > feb7 | 07.02.2013 | 16:34 Ответить
        Вы привели красивые аналогии, а мне вспомнился другой, ужасно неэффективный процесс, на который работала когда-то почти целая страна: получение урана и плутония для бомбы.
        Ответить
        • feb7 > Валя Гриневич | 08.02.2013 | 09:48 Ответить
          тем не менее это изделие было создано.
          Ответить
        • Aab > Валя Гриневич | 08.02.2013 | 15:29 Ответить
          Я считаю, что в сабже описана тупиковая ветвь развития.

          Это похоже на производство золота из свинца в ходе реакции превращения атомных ядер. Да - можно, да - красиво. Но не возможно развитие темы, метод громоздок, не универсален, затратен - и ничто не предвещает его развития.

          Я своё мнение обосновал в теме.
          Ответить
      • Aab > feb7 | 07.02.2013 | 19:51 Ответить
        См. мой ответ участнику inflation от 07.02.2013, 20:43
        Ответить
        • feb7 > Aab | 08.02.2013 | 09:47 Ответить
          Хотите сказать, что слышали про мозг?

          Вы будете поражены, дружище, но некоторые люди даже пользуются им.
          Например, создавая новые технологии, как в сабже.

          Что касается Вашего ответа от 07.02.2013, 20:43, то у меня большое подозрение, что Вы пользовались не собственным мозгом, а буфером обмена того приборчика, с кнопочками и экранчиком, который стоял в этот момент перед Вами.
          Ответить
          • Aab > feb7 | 08.02.2013 | 15:26 Ответить
            В сабже - не технология, а приступ калиграфии.

            == 07.02.2013, 20:43, то у меня большое подозрение, ==

            Можете развить Вашу мысль? Или не считаете нужным метать бисер?

            В чём прелесть сабжа? По пунктам.

            == создавая новые технологии, как в сабже. ==

            Нет технологии. Нет - и не будет. На основании подхода из сабжа - НЕТ & НЕ БУДЕТ :)

            Искренне расчитываю на продуктивный диалог. Видите ли, я профессиональный химик. А Вы профессиональный - кто? Не тролль же: не хочется плохо думать о людях по одному-двум постам, содержащим лишь сомнения в умственных способностях собеседника.
            Ответить
            • feb7 > Aab | 08.02.2013 | 23:48 Ответить
              >А Вы профессиональный - кто?
              Вопрос химику: "Интересно, чем люди дышали, до того, как Антуан Лавуазье изобрел кислород?"(с)
              Вопрос астрофизику: "Почему Солнце всходит на востоке?"(с)
              Вопрос биологу: "Что появилось раньше - курица или яйцо?"(с)

              Дорогой друг, несмотря на Вашу похвальбу, Вы не сможете корректно ответить на вышеперечисленные вопросы. Знаете почему? Потому что вопросы идиотские с точки зрения человека, которому их задают.

              Не скрою, Ваш экзерцисс по поводу "что это даст нашему колхозу" вывел меня из себя. Вы упорно не желаете понять одной простой вещи: будущего мы не знаем. Мы не знаем, как будет развиваться наука. Мы не знаем, какие открытия и/или технологические решения окажутся полезными в будущем.
              Вы, со своим утилитарным и близоруким подходом не увидели очень простой вещи. Авторы создали технологию. Может быть, несовершенную. Может быть она вообще не пригодится. Мы не знаем. И так будет всегда. Пусть мещане смеются над юродивыми изобретателями - будущее все равно наступит.

              Еще сто лет назад, если бы Вы заявили, что видели машину, способную выиграть у человека в шахматы, Вас бы подняли на смех и освистали. А сегодня такая машина стоит перед Вами на столе. Тот самый прибочик с кнопочками и экранчиком. Ну-ка, попробуйте его обыграть!
              Ответить
              • Aab > feb7 | 10.02.2013 | 10:34 Ответить
                Героны, Фарадеи, Парсонсы, Герцы и Яблочковы!

                == Лавуазье изобрел кислород ==

                Открыл.

                == Солнце всходит на востоке ==

                Потому, что заходит на западе :)

                == курица или яйцо ==

                А вот это - точно вопрос вопросов! Я глубоко задумался. Или не стоит думать над идиотскими вопросами, дабы не уподобляться идиотам?.. Право, об этом мне, наверное, тоже стоит подумать. На досуге.

                Но вернёмся к нашим B2H6, B4H10, B5H9 etc.

                == Вы упорно не желаете понять одной простой вещи: будущего мы не знаем. Мы не знаем, как будет развиваться наука. Мы не знаем, какие открытия и/или технологические решения окажутся полезными в будущем. ==

                Мало того! Мы даже точно не знаем, как она НЕ будет развиваться. Я лишь поднял крышку над ретортой и увидел, что гомункулус, выведенный авторами опуса из гримуара Science, докторами Bartosz Lewandowski, Guillaume De Bo, John W. Ward, Marcus Papmeyer, Sonja Kuschel, María J. Aldegunde, Philipp M. E. Gramlich, Dominik Heckmann, Stephen M. Goldup, Daniel M. D’Souza, Antony E. Fernandes, David A. Leigh, сам честно признался, что имя его Sequence-Specific Peptide Synthesis by an Artificial Small-Molecule Machine. Я спросил его, отчего его выводили именно как сугубо sequence-specific? не будет ли он скучать без братьев и сестёр, коих у него не предвидется? и что с него будет нашему колхозу?

                А он НЕ ответил мне, лишь загадочно улыбнувшись, предложил восхититься красотой игры (вот тут ссылка на его песенку: пост 07.02.2013 21:32).

                "Эге,- подумал я,- а малыш-то не прост: уж больно велик контраст между слишком уж профанным его содержанием (нарочито открытым всем ветрам критики, не только умных людей, но и тех, что зовутся ам гаарец), коее как бы в издёвку объявлено мастерами как Peptide Synthesis by an Artificial Small-Molecule Machine, с одной стороны, и нарочито же непропорциональной сложностью его внутреннего мира (структуры, т.е.) - с другой." (Третья сторона состоит в объёме проделанной работы опуса; но, как известно, Труд = Работа * КПД.)

                Я понял, что чего-то "не допонимаю". Я заподозрил авторов в том, что они, на самом деле, просто дают знак, что следующий шаг их будет сильным и мощным, но как-то, тем не менее, связанным с этим первородным абортивным материалом в Science. Ещё я понял, что сам не предугадаю, что ждёт нас? И по наивности обратился к прихожанам сего достопочтенного форума с призывом пролить свет их прозрения на то, что Miру ждать от вышеупомянутых докторов?

                Я узнал, что вопросы мои идиотские. Это я готов со смирением принять.

                Я узнал, что шаги великих мастеров древности не были оценены их современниками сразу, но время всех расставило по своим местам. И вот, кто-то обрёл летучесть и устремился к альбедо (а потом - и к рубедо), а кто-то застрял в начальных стадиях ночи нигредо, и место ему - под ретортой, средь испепеляющих углей атанора.

                Все мы - в кале и моче рождённые. Но такое знание не приближает к просветлению и освобождению. Никто, кроме мастеров Bartosz Lewandowski, Guillaume De Bo, John W. Ward, Marcus Papmeyer, Sonja Kuschel, María J. Aldegunde, Philipp M. E. Gramlich, Dominik Heckmann, Stephen M. Goldup, Daniel M. D’Souza, Antony E. Fernandes, David A. Leigh не знает, что будет далее (я о сабже).

                Не знать-то не знают. Но прикинуть-то могут. Я - попытался. Но, как и пологается утилитаристам-колхозникам, подвергся атакам демонов нигредо, словно пионэр (неофит).

                Чтож, feci quod potui faciant meliora potentes.

                Кто утешит меня?! В ком свет во тьме - и тьма не одолеет кого?! Ау!

                Ляпис, ляпис, где ты был (и есть)? Может, паранойя у меня? Может, нет никакого смысла в гомункулисе том? Может, магистры показали на нём, как делать не надо, дабы предупредить ищущих и идущих?

                Эх, что я... Пусть утешит меня премудрость Айн-Соф: "Оборотись, человек, ко Мне всем сердцем своим, не смотри, что темна Я и черна - это Солнце опалило Меня, и тёмные глубины покрыли лицо Моё".

                Доступно объясняю?
                Ответить
                • Aab > Aab | 10.02.2013 | 16:10 Ответить
                  == Доступно объясняю? ==

                  Обещала река беречь берега. Каялся, каялся - сорвался :(

                  Не... Нужен конструктив.

                  http://www.sciencer.ru/bio/590666/

                  В белки можно встраивать необычные аминокислоты. Баян, конечно. Но мне как-то лет 5-7 назад встретилась другая статья (не могу найти, жаль), там авторы умудрились синтезировать тРНК с пятибуквенными кодонами. Обычная рибосома неплохо с ними обращалась и собрала по искуственно же созданной иРНК полипептиды с целым букетом весьма нестандартных аминокислот (наравне с обычными). Там был не только "банальный" р-аминофенилаланин, но и какие-то совсем уж монструозные АК (с атомом бора). Ошибок встройки, конечно, возникало заметное количество, но гель-электрофорез безупречно разделял смесь полипептидов. Если не вру, эти ребята декапептиды собирали. Конечно, сие уж совсем смело и тоже попахивает авантюрой (очень много придётся сделать, чтоб создать живой организм, использующий пятибуквенные кодоны вместо трёхбуквенных, просто адски много!!! (а там именно на такую перспективу намекалось)). Но они сделали то, что сделали. Не знаю, как у них там дела сейчас. А очень хотелось бы! Может, кто-то что-либо слышал об этих маньяках? Впрочем, если бы они достигли прорыва, прогрессивное человечество уже было бы "в теме" (но, что, если просто я не в курсе событий?). Очень мне понравилась та статья. Жаль, что ссылку не сохранил :(

                  Излишне говорить, ЧТО дала бы такая возможность "нашему колхозу". Кстати, о последнем. Заинтересованность в процветании родного "колхоза", на которую я ссылался в самом первом посте к сабжу, была выражена не каким-нибудь отмороженным председателем свинарника а ля А.Г.Лукашенко, а действительно великим человеком Симоном Эльевичем Шнолем (многие лета!).

                  Чем хорош такой подход? Собрал программу (иРНК) - разобрал, собрал другую. (Т.е., конечно, искуственный организм собрал/разобрал её под чутким руководством человека.) Гибкость! Нет по-военному жесткого неперенастраеваемого комбайна. Будущее - там. Этих ребят (или/и продолжателей их дела) будут помнить. А всё твёрдое как шанкр излечено да будет и отомрёт.
                  Ответить
                  • feb7 > Aab | 13.02.2013 | 21:21 Ответить
                    Дружище, многа букафф, но по существу не отвечено.
                    Кроме того, Вы даже неверно процитировали примеры идиотских вопросов, прежде чем на них отчечать. (Добавлю в скобочках, что отвечать и не требовалось, вопросы-то идиотские. Но если взялись отвечать, отвечайте с точки зрения соответственно химика, астрофизика и биолога, а не несите отсебятину.)
                    Сие есть два признака, что ответить-то нечего. Следовательно, никаких мыслей по поводу "как делается прогресс" у уважаемого оппонента не наблюдается.
                    С уважением, профессиональный авиатор.
                    Ответить
                    • Aab > feb7 | 14.02.2013 | 17:11 Ответить
                      == С уважением, профессиональный авиатор. ==

                      Ну, тогда я полетел (С) анегдот

                      В принципе, Ваша точка зрения теперь понятна.

                      Спасибо за ответ.
                      Ответить
                      • feb7 > Aab | 14.02.2013 | 22:41 Ответить
                        Но на мои вопросы, дорогой друг, Вы так и не ответили. Следовательно, ответить нечем, кроме водопада букв.
                        Ответить
                        • Aab > feb7 | 17.02.2013 | 20:05 Ответить
                          Если Вы имеете в виду эти три вопроса:

                          == Вопрос химику: "Интересно, чем люди дышали, до того, как Антуан Лавуазье изобрел кислород?"(с)
                          Вопрос астрофизику: "Почему Солнце всходит на востоке?"(с)
                          Вопрос биологу: "Что появилось раньше - курица или яйцо?"(с) ==,

                          то они явный оффтоп. Но если Вы желаете, чтобы я более развёрнуто ответил на первый из них, подтвердите, пожалуйста. (Я химик и в области биологии и астрофизики не очень-то разбираюсь (и совсем не разбираюсь в авиации, если что).)
                          Ответить
                          • feb7 > Aab | 19.02.2013 | 18:29 Ответить
                            Неужели Вы надеялись, что я попрошу Вас отвечать на идиотские вопросы?
                            Зря надеялись. Прошу меня извинить, но такого удовольствия я Вам не доставлю.
                            Ответить
                            • Aab > feb7 | 20.02.2013 | 15:21 Ответить
                              1) == Но на мои вопросы, дорогой друг, Вы так и не ответили. Следовательно, ответить нечем, кроме водопада букв. ==

                              2) == Неужели Вы надеялись, что я попрошу Вас отвечать на идиотские вопросы? Зря надеялись. ==

                              Э-э-э, Бивис... (С) Бивис & Батхед
                              Ответить
            • Pan życie > Aab | 09.02.2013 | 10:40 Ответить
              Зря Вы так,могли ведь и обидеть хорошего человека......
              Ответить
              • Aab > Pan życie | 10.02.2013 | 09:14 Ответить
                А кому сейчас легко? Хорошим людям всегда было труднее, чем обычным. Поэтому вторые не должны сидеть, сложа руки. Должны найти в себе искру первых, понять их, насколько вторым позволяет их машинка без экрана, кнопочек и проводков. Я попытался: пост 09.02.2013 11:10, Aab.
                Ответить
                • Pan życie > Aab | 10.02.2013 | 16:20 Ответить
                  Я уже прочел,спасибо.
                  Ответить
              • feb7 > Pan życie | 13.02.2013 | 21:26 Ответить
                Пан Жизнь, не обидеть, а насмешить).
                Ответить
            • Виктория Де Рао > Aab | 09.02.2013 | 12:18 Ответить
              А я,всегда думала,Что Вы друзья(((
              Ответить
              • Aab > Виктория Де Рао | 10.02.2013 | 09:22 Ответить
                От слова "всегда" веет вечностью. Где мы и где вечность? :)

                Ни то, чтоб совсем не было идей на этот счёт (см. 09.02.2013 11:10, Aab)... но... Вы ж понимаете... Life is hard, death isn't easy.

                А искуство вечно ;)
                Ответить
              • feb7 > Виктория Де Рао | 13.02.2013 | 21:31 Ответить
                Ну что Вы придумывете, милая? Друзья в бане пиво пьют, зубоскалят и рассказывают анекдоты.
                А здесь место, где скрещиваются шпаги интеллектов. Тут друзей нет, только единомышленники или оппоненты.

                Кстати, пользуясь случаем, поздравляю девушку с наступающим завтра Днем Влюбленных.
                Ответить
                • Виктория Де Рао > feb7 | 14.02.2013 | 19:31 Ответить
                  Огромное Вам спасибо! ))))
                  Ответить
          • Aab > feb7 | 08.02.2013 | 15:58 Ответить
            По поводу буфера обмена. Вы спутали (случайно, полагаю) мой пост от 07.02.2013 20:43 и пост от 08.02.2013 00:37. Во втором случае я действительно воспользовался буфером обмена, чтобы разместить в посте методику из научного журнала для демонстрации того, как работает хороший подход, по этой методике легко оценить универсальность и простоту метода. Кроме того, мой постот от 08.02.2013 00:37 содержит вводную часть, написанную лично мной с целью необходимых комментариев к методике.

            Воспользуйтесь приборчиком с кнопочками и экранчиком, сравните методы приведённые в двух моих постах (по трём работам, которые я разобрал) с сабжем, расскажите, не стесняйтесь, в чём преимущества метода из сабжа перед этими тремя статьями. Не сомневаюсь, что Вам есть, что сказать по критериям оценки всех обсуждаемых материалов.
            Ответить
            • feb7 > Aab | 13.02.2013 | 21:54 Ответить
              Дорогой друг, у меня большое подозрение, что Вы пытаетесь мне подсунуть методику, по которой можно посчитать некий критерий. Кроме недоумения, зачем мне это нужно, могу выразить уверенность, что никакой критерий не определит пользу или безполезность данной разработки для будущего.

              В качестве примера приведу булеву алгебру. Она почти 200 лет оставалась забавным математическим трюком, пока не выяснилось, что на этой логике можно построить вычислительные машины. Дальше Вы знаете...

              Второй пример Вам, может, будет ближе. Изучение сапротрофов в микологии долгое время считалась "наукой сильно на отшибе", пока не был открыт пенициллин. (Случайно, как водится.) Дальше Вы знаете....

              Смею Вас уверить, что ценность или бесполезность новых технологий или находок определяется не некими методиками, а будущими поколениями. Другими словами, поживем, увидим.
              Ответить
              • Aab > feb7 | 14.02.2013 | 17:14 Ответить
                Позвольте с Вами наконец-то согласиться. Время лечит.
                Ответить
  • Paka Shume  | 05.02.2013 | 12:40 Ответить
    Хм, я помню некий Джорж Чёрч говорил недавно, что для создания искусственной клетки ему понадобится около года. Хотя, возможно, он имел в виду только сборку из готовых частей.
    Ответить
    • Aab > Paka Shume | 05.02.2013 | 20:50 Ответить
      Похитила Снежная Королева Крейга Вентера. Чтоб не скучал, она выдала ему волшебные кубики с буквами, а сама отвалила по своим, по снежным делам. Возвращается, видит, Крейг, сопя носом, что-то складывает, какое-то слово.
      -- Что пишем?
      -- ETERNITY.
      -- Ай, маладэц! А какие буковки у тебя тут?..
      -- A, G, C и T...
      -- ...

      Я это к тому, что Снежная Королева правильно сделала, что умыкнула именно Вентера: у него ГОРАЗДО больше шансов на успех.
      Ответить
  • samara  | 05.02.2013 | 19:06 Ответить
    начало положено) молодцы..
    Ответить
    • Aab > samara | 05.02.2013 | 20:41 Ответить
      Indeed?
      Ответить
      • samara > Aab | 06.02.2013 | 02:24 Ответить
        истинно! хD

        Aab, вы решили отвечать на все посты топика ?)
        Ответить
        • Aab > samara | 06.02.2013 | 07:32 Ответить
          :) == Aab, вы решили отвечать на все посты топика ?) ==

          Да! Да! Да! И меня остановит только модератор.
          А пока у него/неё руки не дошли, вдруг, кто-то раскроет мне тайны этой забавной статьи :)
          Ответить
          • inflaton > Aab | 06.02.2013 | 15:30 Ответить
            У людей в голове есть такая штука, называется "мозг". Думаю, у вас тоже есть, раз вы способны на простейшие действия, типа задавания тупых вопросов. Попробуйте теперь его применить к более сложным действиям, например, подумать и ответить на свой вопрос самому.
            Ответить
            • Aab > inflaton | 06.02.2013 | 17:59 Ответить
              == У людей в голове есть такая штука, называется "мозг". ==

              Да, я что-то про это слышал.

              == Попробуйте теперь его применить к более сложным действиям, например, подумать и ответить на свой вопрос самому. ==

              С Вашего позволения я завтра приведу несколько ссылок на работы в области пептидного синтеза, представляющие, по моему скромному разумению реальный (а не сугубо эстетический) интерес. И свои замечания по ним - тоже, равно как и сравнение этих трудов с обсуждаемой статьёй.

              == Думаю, ==

              Ваше предположение весьма лестно для меня. Надеюсь, что мои грядущие рассуждения будут интересны не только мне самому. Чем не шутит чёрт, вдруг, и у Вас тоже появится, что добавить, кроме уже сказанного. Обещаю за словом в карман не лезть. Ваш пост настроил меня на сугубо конструктивную беседу.
              Ответить
              • Corund > Aab | 07.02.2013 | 07:36 Ответить
                Но согласитесь - вопросы действительно тупые? Это ведь исследования - люди ищут и изучают закономерности (а что будет, если сделать так? а вот так? а эдак? а вот если совсем не так? опаньки! теория этого совсем не предсказывает? как интересно!), а не запускают максимально эффективное и экономичное серийное производство.
                Ответить
                • Aab > Corund | 07.02.2013 | 19:51 Ответить
                  См. мой ответ участнику inflation от 07.02.2013, 20:43
                  Ответить
              • inflaton > Aab | 22.02.2013 | 01:22 Ответить
                "по моему скромному разумению реальный (а не сугубо эстетический) интерес"
                В противоположность тому, что сейчас происходит в мире, не все мнения одинаково полезны. И если вы не специалист, то вы знаете, куда следует засунуть ваше мнение.
                Ответить
                • Aab > inflaton | 22.02.2013 | 07:56 Ответить
                  == И если вы не специалист ==

                  Если Вы про пептидный синтез, то я в этом разбираюсь.

                  Если про супрамолекулярную химию, то - тоже, но менее.

                  Про "просто химию" я уже писал; она меня кормит.

                  == то вы знаете, куда следует засунуть ==

                  Почему-то от разного рода летающих высоко я слышу низкокачественные крики, хамство и наблюдаю стойкое желание пострелять своим гуано по "рождённым ползать". Ни ссылок на литературу в обсуждаемой области, ни ссылок на собственные работы, ни ценных наблюдений, если не принимать за таковые разглогольствования на тему, что пути науки неисповедимы - ничего. Жаль.
                  Ответить
                  • inflaton > Aab | 22.02.2013 | 18:43 Ответить
                    А почему я должен давать вам ссылки на свои работы, если я не рву никакое место и не кричу, что я разбираюсь в вопросе?
                    Оп, кстати. Можно увидеть ссылки на ваши работы по химии? Они-то уж, я полагаю, представляют неимоверную ценность для науки, в отличие от обсуждаемой статьи.
                    Ответить
                    • Aab > inflaton | 22.02.2013 | 23:07 Ответить
                      Я сейчас работаю в частной фирме. Мы там не пишем статей, мы там лекарства варим. Пептиды - в том числе. В большом числе, я бы даже сказал. Статьи мы активно читаем. В том числе - и научно-популярные, на Элементах.ру, например (для общего развития).

                      Когда ИОХе работал, разные субстанции приходилось делать. Но с пептидами тогда не сталкивался. Могу привести ссылки на то, с чем работал:

                      E.I. Sinauridze, F.I. Ataullakhanov, A.A. Butylin, V.B. Sulimov, A.N. Romanov, A.A. Bogolyubov, Yu.V. Kuznetsov, I.V. Gribkova, A.S. Gorbatenko, O.A. Kondakova. New antithrombin function compounds and pharmaceutical compositions based oh them. International Patent Application PCT/RU2008/000400 (priority of June 28, 2007). Data of publication: 31.12.2008. Applicant: Bionika, Moscow, Russia.

                      E.I. Sinauridze, F.I. Ataullakhanov, A.A. Butylin, V.B. Sulimov, A.N. Romanov, A.A. Bogolyubov, Yu.V. Kuznetsov, I.V. Gribkova, A.S. Gorbatenko, O.A. Kondakova. New anticoagulant compounds, pharmaceutical compositions on their basis to tread thrombotic conditions, and plasma-substituting solution to correct hypercoagulation defects of hemodilution. International Patent Application PCT/RU2008/000401 (priority of June 28, 2007). Data of publication: 31.12.2008. Applicant: Bionika, Moscow, Russia.

                      1-Oxa-3-azapentalen-2-ones as precursors of cis-2-amino alcohols: synthesis from acetylenic alcohols, carbon dioxide and amines via intramolecular amidoalkylation of oxazolidinones Alexey A. Bogolyubov,a Natalia B. Chernysheva,a Vladimir V. Nesterov, Mikhail Yu. Antipin, and Victor V. Semenov (Ref: http://www.arkat-usa.org/get-file/19638/)

                      Ссылка на мою работу (в соавторстве) в статье Алана Катрицкого: http://www.arkat-usa.org/get-file/23135/

                      Диссертация: http://www.dissercat.com/content/sintez-kondensirovannykh-azotistykh-geterotsiklov-na-osnove-uglekislogo-gaza-i-propargilovyk

                      == Они-то уж, я полагаю, представляют неимоверную ценность для науки, ==

                      Не, мы на сайнс не претендуем. У нас чистый фикшен. Семь слоников на камоде. Пыль за иконой. Да и сами мы криво повязаны. Художника настоящего так и наровим обидеть. Чисто из зависти, жлобства и раздутого самомнения. И никакая * нас не осадит, обещаю.
                      Ответить
                      • inflaton > Aab | 22.02.2013 | 23:41 Ответить
                        Неудачная попытка оправдаться. В любом случае, с вами все ясно.
                        Ответить
                        • Aab > inflaton | 23.02.2013 | 08:02 Ответить
                          == с вами все ясно ==

                          Конгениально!

                          См. 23.02.2013 00:59, Aab
                          Ответить
            • Aab > inflaton | 07.02.2013 | 19:43 Ответить
              JOC v75, 564 (2010) и J. Peptide Sci. v11, 633 (2005). Даже на базе этих двух методов можно делать полипептиды длиной до 15 аминокислот с высокими выходами (> 80% суммарный выход для декапептида (т.е. выход на стадию в среднем корень десятой степени из 0.8) при чистоте > 98%). Как первая, так и вторая статья описывают процесс сборки полипептидов за короткое время, в килограмовых количествах, с минимумом отходов (из которых частично можно выделить вспомогательные реагенты). Многие стадии проходят без смены растворителя. Все стадии в обеих статьях технологически ЭЛЕМЕНТАРНЫ.

              Наращивание одного звена занимает 1-3 операции. На базе одного из этих подходов (или их сочетании) может быть легко разработана технологическая схема из простых аппаратов. Многие стадии могут быть роботизированы. В значительном количестве случаев установку по синтезу можно собрать таким образом, чтобы, грубо говоря, оператор вводил структуру требуемого пептида в компьютер, а тот уже управлял всей технологической схемой. Разумеется, полная роботизация не возможна. Комбинация обоих подходов позволяет разрабатывать эффективные конвергентные, последовательные и смешанные схемы. Методы запатентованы. Всё прекрасно работает. В том числе - в наших, россейских руках. (Есть ещё определённое количество превосходных статей с великолепными работающими методами. Но для начала - sapienti sat, т.е. для Вас, мягко говоря.)

              Ни одним преимуществом перед протоколами из этих двух статей обсуждаемая работа из Science не обладает. Понтов много, это да. Понты дорогие - факт. Игру досужего ума я оценил. Ну, и коллеги мои на работе - тоже.

              Ещё раз - коротко:

              1. Рис.1. Шаг i. Прекурсор 2 собирается по клик-технологии, но, по-видимому,- на смолах. Сами три звена в прекурсоре 2 состоят из одинаковых фенолов и пришитых к ним аминокислотных остатков. Сборка одного такого фенольного звена с пришитой АК занимает минимум шагов 7, 7 * 3 = 21. Ну, пусть, я в 2 раза ошибся - итого, 10. Предположим, что выходы везде хорошие (90%). Тогда имеем 35% (это при 10, а если таки 21, то 11%). Еще положим по 7-15 шагов на синтез в-в 5 и 3, но они варятся параллельно прекурсору 2, и я пишу тут о 5 и 3, лишь чтобы напомнить о трудозатратах вообще (ретроград, не иначе). А теперь - сладкое: каков выход в реакции 3 + 5 + 2 = 4? :) Шиш целых, пол-шиша десятых? В Science этот момент обойдён вниманием: все жмут на акселератор, тут не до мелочей. Потом ещё шаг ii (Там, думаю, выход около 50%). Ладно, собрали динозавра.......

              2. Рис.2. Подготовка к фокусу завершена, закисляем динозавра (шаг ii на рис.2) - але-оп! (12 часов) - пептид (почти) готов! Бурные & продолжительные аплодисменты. Ещё усилие (шаг iii) - мечта неумолимо приближается - публике демонстрируется пептид 9. С него осталось снять Piv c NH2 и омылить гидразидную группу. Но это уж совсем мелочи жизни, зато заветные миллиграммы (АБСОЛЮТНО ЧИСТОГО!!! Все встают.) гексапептида факиры (fukckcers, i.e.) гордо демонстрируют восхищённой публике Science. Цирк с огнями. В гексапептиде магия нарастила лишь 3 звена из 6? Не надо придирок! Никола Тесла начинал с медной проволоки в оплётке из ниток с казеиновым клеем (не дословная цитата). Ну, конечно.

              3. Рабочие сцены выливают в куб на сжигание примерно 20 литров отходов, но это происходит во внутреннем дворике цирка, поэтому мало кого э-э-э сыктым (тюркское слово).

              4. На сборку гептапептида уйдёт уже не 12, а, думаю, 20 часов... На октапептив - часов 50... На пептид с 15-ю АК - 0, т.к. он не может быть получен по такой технологии ВООБЩЕ (энтропийный фактор при подходе головы к хвосту на стадиях b-h (рис. 2) загубит дело на корню).

              5. Op.cit. "Чтобы получать пептиды таким методом в больших количествах, надо просто одновременно добавить в реакционную смесь большое количество ротаксановых наномашин (кольцо + стержень с аминокислотами), что, собственно, и сделали авторы статьи. Используя одновременно 10^18 молекулярных машин, они получили миллиграммы пептида. Проверка методами ЯМР и масс-спектрометрии подтвердила, что состав синтезированных пептидов точно соответствовал ожиданиям ученых. Полученный пептид получается очень чистым, потому что при таком методе синтеза у молекулярной машины фактически нет возможности совершить ошибку, выбрав неправильный строительный блок для продолжения синтеза." Тут надо задаться вопросом о соотношении молекулярных масс динозавра и гексапептида :) А очень высокая чистота продукта - фетиш: собранный как-то по другому тот же полипептид можно очистить на колонке (не то что миллиграммы, но и килограммы можно чистить на колонках!).

              6. Op. cit. "Заметим, что особого практического значения работа на данный момент не имеет. Для искусственного синтеза пептидов обычно используется твёрдофазный синтез, который занимает значительно меньше времени: до 10–15 минут на образование одной пептидной связи (по сравнению с 12 часами в случае ротаксановой машины)." Вот-вот. Но не обязательно использовать твёрдофазный синтез (ТС), если нужны килограммы продукта, а не миллиграммы, то ТС не подходит.

              7. Для каждого гексапептида нужно собирать свой собственный предшественник 1 (рис. 1). А это - геморрой, как уже было сказано.

              8. У всех таким образом получаемых полипептидов три аминокислотных остатка с С-конца всегда будут Cys-Gli-Gli. А если надо что-то другое, как быть? В рамках данной парадигмы - никак: эти три АК - карма метода. Op. cit. "Тем более, синтез значительно усложняется, если приходится сначала синтезировать стержень с аминокислотами, а потом уже проводить реакцию собственно синтеза пептида." :) Интересно, а при чём тут вообще слово "если"? Тут не "если" нужно писать, а "по-любому".

              Итак, я рискну предположить, что ответил не только на свои глупые вопросы. А у Вас-то, забыл спросить, вопросы к статье авторов есть вообще? Умные, разумеется. Или Вы просто хотели подбодрить меня, чтоб я не принимал близко к сердцу и верил в прогресс? Если что, я не против прогресса; приведённые в начале моего поста две ссылки на восхитительные работы, по-моему, весьма прогрессивны. У моих коллег они нормально воспроизвелись.

              PS Немного о себе. Мне 42 года из них 12 я работаю в области органической химии, к.х.н. Окончил МГАТХТ им. М.В.Ломоносова и аспирантуру в ИОХ им. Н.Д.Зелинского (Москва). Научных работ, правда, не много, грешен, но среди них 4 патента (ингибиторы тромбина etc).
              Ответить
              • Aab > Aab | 07.02.2013 | 23:37 Ответить
                Вот ещё пример здорового подхода: JOC, v78, 320 (2013); свежачок, кстати. Метод настолько прост, что его можно даже в двух словах описать.

                Берут 3,5-(RO)2-Ph-CH2-OH (R - дли-и-инный нормальный алкил C22H45), далее будем называть такой бензиловый спирт TAGa-OH (в-во 4, как в статье). На схеме 4 в статье приведён синтез пептида (leuprolid, в-во 1). Из дипептида H-Arg-Pro-OH и спирта TAGa-OH делают сложный эфир H-Arg-Pro-O-TAGa (в-во 6), далее его за 13 шагов с выходом 79% получают защищённый полипептид из девяти АК (в-во 7). Его переэтерифицируют в метиловый эфир 9 (правда, с выходом 20% (тут явно есть над чем поработать)) (при этом регенерируется в-во 4). Далее в-во 9 омыляют до к-ты 8. Потом из в-ва 8 делают собственно в-во 1 (leuprolid). В методе "навязчиво" применяется ацетонитрил: он осаждает растущий полипептид, пришитый к TAGa, а все примеси и побочные в-ва отмываются; это происходит благодаря длинным алкилам в TAGa.
                ---------------------------------------------
                Вот экстракт из Эксперимента:

                Leuprolide (1). Preparation of the Tagged Peptide 6. The “acidresistant”
                hydrophobic tag 4 (1.52 g, 2.00 mmol) was dissolved in
                CH2Cl2 (20 mL). Boc-Pro-OH (646 mg, 3.00 mmol), N,N′-
                diisopropylcarbodiimide (DIC) (378 mg, 3.00 mmol), and N,N-dimethyl-
                4-aminopyridine (DMAP) (48.8 mg, 0.400 mmol) were then
                added to the solution. The reaction mixture was stirred at room
                temperature until the reaction was completed (30 min). After
                completion, MeCN was added to the reaction mixture to give the
                product quantitatively as a precipitate. The precipitate was filtered and
                washed with MeCN. The product was then dissolved in a 3:2 (v/v)
                mixture of 4 M HCl/dioxane and toluene (30 mL). The reaction
                mixture was stirred at room temperature until the reaction was
                completed (30 min). After completion, MeCN was added to give the
                product quantitatively as a precipitate. The precipitate was filtered and
                washed with MeCN. The product was then dissolved in a 4:1 (v/v)
                mixture of THF and DMF (40 mL). Boc-Arg-OH (658 mg, 2.40
                mmol), DMT-MM (664 mg, 2.40 mmol), and N-methylmorpholine
                (NMM) (405 mg, 4.00 mmol) were then added to the solution. The
                reaction mixture was stirred at room temperature until the reaction
                was completed (30 min). After completion, MeCN was added to the
                reaction mixture to give the product quantitatively as a precipitate. The
                precipitate was filtered and washed with MeCN. Finally, the product
                was dissolved in a 3:2 (v/v) mixture of 4 M HCl/dioxane and toluene
                (30 mL). The reaction mixture was stirred at room temperature until
                the reaction was completed (30 min). After completion, MeCN was
                added to give the tagged peptide 6 quantitatively as a precipitate. The
                precipitate was filtered and washed with MeCN.
                General Method for the Couplings. Tagged peptide was
                dissolved in a 4:1 (v/v) mixture of THF and DMF (40 mL). Boc-
                AA-OH (1.20 mol equiv), except for the N-terminal pyroglutamic acid
                (Pyr-OH) and histidine next to the N-terminus (Fmoc-His(Trt)-OH),
                DMT-MM (1.20 mol equiv), and NMM (2.00 mol equiv) were then
                added to the solution. The reaction mixture was stirred at room
                temperature until the reaction was completed. After completion,
                MeCN was added to the reaction mixture to give the product as a
                precipitate. The precipitate was filtered and washed with MeCN.

                General Method for Boc Group Deprotections. Tagged
                peptide was dissolved in a 3:2 (v/v) mixture of 4 M HCl/dioxane
                and toluene (30 mL). The reaction mixture was stirred at room
                temperature until the reaction was completed. After completion,
                MeCN was added to give the product as a precipitate. The precipitate
                was filtered and washed with MeCN.

                Basic Deprotection of the C-Terminal Hydrophobic Tag of
                the Tagged Peptide 7. The tagged peptide 7 (4.00 g, 1.85 mmol)
                was dissolved in a 1:1 (v/v) mixture of THF and MeOH (92 mL).
                Aqueous 1.0 M NaOH (6.47 mL) was added to the solution at 0 °C.
                The reaction mixture was stirred at 0 °C until the reaction was
                completed (20 h). After completion, the solution was filtered and then
                washed with MeOH. DIPE was added to the filtrate to give the
                products 8 in 65% yield as a precipitate with the formation of its
                methyl ester 9 in 20% yield. The methyl ester was then dissolved in a
                1:1 (v/v) mixture of DIPE and H2O (17 mL). Aqueous 1.0 M NaOH
                (2.14 mL) was added to the solution at 0 °C to hydrolyze the Cterminus
                (20 h), affording the product 8 in 97% yield (in total 84%
                yield).

                И - всё!
                Ответить
  • kbob  | 07.02.2013 | 04:38 Ответить
    Рибосомы не всегда были такими сложными. Авторы пытаются нащупать промежуточный шаг в возникновении жизни. Интересное исследование.
    Ответить
    • Aab > kbob | 07.02.2013 | 20:32 Ответить
      == Авторы пытаются нащупать промежуточный шаг в возникновении жизни. ==

      Нет. Они заняты другим. _youtube.com/watch?v=d1yRsiK8XJE :( Увы.
      Ответить
  • Aab  | 09.02.2013 | 10:10 Ответить
    Я тут подумал. Вот сам: призываю людей не переходить на личности, не обзываться дурачками, намекаю, что "умному достаточно", в духе советской шельмующей пропаганды выискиваю троллей; тон имею снисходительно-покровительственный :( Веду себя не интеллигентно. Что с того, что не дохожу в обхождении с собеседниками до уровня прапорщика? - ничего ровным счётом. Что с того, что "я не первый начал"? - -//-.

    Братья и сёстры!

    Прошу у вас прощения за прегрешения вольные и невольные.

    Давайте жить дружно, ребята. Искренне ваш, Леопольд.

    PS Если мои извинения не кажутся вам лицемерием, давайте продолжим наш диалог.

    1. Люди (я про сабж) собрали изощрённую конструкцию, не терпящую "удлинения", чьё качество работы (в общем смысле слова) будет примерно экспоненциально падать при попытках собрать полипептиды всё большей длины.

    2. Наверняка люди (-//-) провели серьёзное математическое моделирование. Наверняка было проверено несколько вариантов, прежде чем пришли к тому, который описан. Но что с того? Кого должно волновать, сколько художнику стоило его полотно? Читателя волнует качество повествования, а не пот, слёзы и кровь творца. Поэтому художника может обидеть каждый.

    3. Есть действительно интересные работы по супрамолекулярной химии с не менее красивыми конструктами.

    4. Собраный авторами комбайн - машина Тьюринга. У неё есть точка входа и точка выхода. Она собирает ответ (пептид) из шести "слов" (аминокислот), три из которых жёстко заданы (Cys-Gli-Gli, читая слева направо). У неё есть лента со "слотами" (фенольные остатки), в "слотах" сидят "данные" (защищённые аминокислоты); эти "данные" освобождаются от "дополнительной служебной информации" в лице фенольной матрицы и части защитных групп на самих АК-остатках. Считыванием АК-остатков занимается считывающая головка (в-во 3, рис. 1); к головке прикреплён буфер вывода информации в виде предзаданного трипептида (Cys-Gli-Gli), который и растёт. Машина крайне громоздкая для той задачи, которую она решает. Если нужно решить сходную задачу (с тремя другими "словами" вместо Phe-Leu-Ala), то всю машину (кроме считывающей макроциклической головки 3 на рис 1.) надо собирать практически "с нуля" (или околонуля, как сейчас модно говорить).

    5. Остаются и другие вопросы, о которых я уже писал.
    Ответить
    • inflaton > Aab | 22.02.2013 | 01:26 Ответить
      Вы там займитесь каким-нибудь общественно полезным делом вместо засорения ветки комментариев на сайтах. Я так понимаю, вы из тех, кто по вершкам нахватался и теперь строит из себя специалиста во всех областях сразу. Может вы еще какую-нибудь альтернативную науку исповедуете в демисезон? Было бы замечательно для полного завершения картины интернетного "всезнайки", вооруженного онлайн энциклопедиями.
      Ответить
      • Виктория Де Рао > inflaton | 22.02.2013 | 08:47 Ответить
        Нет,Aab очень хороший комментатор,я его давно читаю и с большим удовольствием,так же как и feb7 )))
        Ответить
        • inflaton > Виктория Де Рао | 22.02.2013 | 18:51 Ответить
          Замечательно. Тогда вы должны были заметить, что Aab согласился с feb27 в том, что данное исследование может представлять ценность на будущее. Feb27 еще привел в качестве сравнения булеву алгебру.
          И после этого еще накропал всякого. Печально это видеть.
          Ответить
          • Виктория Де Рао > inflaton | 22.02.2013 | 19:18 Ответить
            К чему Вы это?
            Ответить
            • inflaton > Виктория Де Рао | 22.02.2013 | 23:43 Ответить
              К тому, что позиция Aab с очень большим трудом угадывается за всеми этими словесами. Но для вас, думаю, это не является какой-либо проблемой.
              Ответить
              • Виктория Де Рао > inflaton | 23.02.2013 | 00:24 Ответить
                Вы правы. Не является. ))) Я очень давно читаю комментарии Aab и мне всегда нравится,как он выражает свои мысли в них.Комментарии всегда ясно изложены и их приятно читать.
                Ответить
          • Aab > inflaton | 22.02.2013 | 23:23 Ответить
            Я согласился подождать, пока время вынесет свой вердикт труду этих ребят (из сабжа).

            Да, так получилось, что я развёл тут холивар. Но это первый случай в моей жизни. Я никогда первый не лезу со шпателем наперевес (обычно).

            PS А то, что много букфф - это, увы, да :(
            Но мне есть, у кого учиться тут сдержанности и лаконичности.
            Ответить
      • Aab > inflaton | 22.02.2013 | 23:43 Ответить
        Я тружусь по специальности. Я специалистом себя считаю только в области органической химии. Не исповедую альтернативные формы науки. Есть хобби помимо основного занятия; они присутстуют в моих постах в виде "лирических отступлений".

        == позиция Aab с очень большим трудом угадывается за всеми этими словесами. ==

        Место этой статьи не в Science, а, скажем, в JACS или JOC, или в Chem. Ber. etc - в специализированном издании, т.е. Наверное, надо было мне
        сказать это чётко и сразу.

        == демисезон? ==

        http://vocabulary.ru/dictionary/11/word/infljacija
        Минуй нас пуще всех печалей/ И барский гнев, и барская любовь
        Ответить
        • inflaton > Aab | 22.02.2013 | 23:46 Ответить
          Вы всегда ведете себя неадкветватно или только в феврале?
          Впрочем, отсутствие альтернативщины может только радовать. Плюсик вам.
          Ответить
          • editor > inflaton | 22.02.2013 | 23:48 Ответить
            Господа, давайте закончим этот разговор. А Aab'у спасибо за комментарии, очень интересно.
            Ответить
            • Aab > editor | 22.02.2013 | 23:59 Ответить
              Значит, модераторы всё-таки в теме! ОК

              Я согласен, что надо подождать, вдруг, эта статья в Science - просто предтеча? Я изложил свои доводы, что меня не устраивает. Выслушал оппонентов. Мы мило пообщались.

              Согласен завершить дискуссию.

              Надеюсь увидеть на Элементах и другие статьи на данную тему.

              С уважением,

              Aab
              Ответить
  • hongma  | 03.03.2013 | 23:04 Ответить
    Авторы попытались создать "с нуля" искусственную рибосому. Возможно, именно этот подход окажется тупиковым (недостатков многовато). Но кто знает? Может быть только с таким или подобным получится синтезировать что-то совершенно экзотическое?
    Или будет дан старт совершенно новому принципу построения искусственных биосистем?
    Если посмотреть на историю развития разных технических идей, там ведь много было и тупиковых ветвей. Вроде самолетов на паровых двигателях.
    Вспомним и первый реактивный самолет - рассказывают, что некий генерал Ван Ху еще в 15-16 в пытался взлететь с помощью связки ракет.
    Да, такие попытки часто кажутся теперь смешными, но они тоже дали много - как не надо делать.
    Поэтому не надо спорить ни о чем. Сейчас это скорее забавная игрушка. Работает, как было задумано, но и только. А там время покажет.
    Ответить
Написать комментарий


Элементы

© 2005-2017 «Элементы»