"поедание организмов друг другом может лежать в основе горизонтального переноса, поскольку показано, что ДНК переваривается не до конца и отдельные молекулы могут попадать из кишечника в клетку и в ядро, а затем интегрироваться в хромосому"

Да это полная фигня! Коровы тысячилетиями ели траву! И никаких видимых изменений нет! Причем траву разную ели. А если перебросить корову из одной местности в другую, где она будет есть другой вид травы, коровы не начнут мутировать с бешенной скоростью. А скорость судя по этому высказыванию должна быть невероятной. Буквально следующее потомство этой коровы, а может и она сама, будет уже мутантами. И какими мутантами!
Между прочим коровами менялись и довольно часто. Коровами, лошадями, свяньми... Селекционные хозяйства часто покупали племенных животных из другой страны. И ведь именно для этого и покупали, что им нужен был выведенный генетический код. А если корова начнет есть другую траву, чем её кормили на родине... она вроде как должна этот код поменять.

А если рассматривать все перемещения животных. То например крокодилы у нас в зоопарке уже отличаются от крокодилов в Африке, потому как антилопами и зебрами их не кормят! А волнистых попугайчиков слолько??!!!
А сколько поколений этих попугаев? Да давно уже пора бы им в воробьев превратится от нашей-то жратвы!
Все мутанты! сплошь одни мутанты! мутанты мутантов жрут и мутантами погоняют. Ужас-то какой!

Условия жизни человека существенно меняются, прежде всего из-за его же хозяйственной деятельности. Но речь пока идет не об непосредственном массовом изменении генетического кода человека. Всё-таки питание - это уже вторичная цепь, и даже если при этом генетический код человека будет меняться - это скорее следствие внешней среды. Можно рассматривать эти изменения как реакцию на изменения в окружающей среде.
А уж окружающую среду мы меняем, будь здоров! И более того стараемся жить в этой созданной среде. (это к урбанизации относится) В свете этого, генетически модифицированные продукты не представляются чем-то большим, чем скажем повышение CO2... не говоря уже о других веществах которые человек распространяет в окружающей среде.

Исходя из этих соображений, можно надеятся, что человечество, как вид, приспособится.

Но вот что интересно, как меняют генетический код? Для чего? Если для повышения урожайности, то почему нельзя этого достичь селекцией?
Любой вид будет стремится к выживанию и распространению в зависимости от окружающих условий. Может код меняют для высокой урожайности, в ущерб выживаемости вида? Тут уже только эксперт в этом вопросе может что-то сказать...

Если кто-то может пояснить, с удовольствием послушаю.

Алексан Юрьич, если вы пишете
"где-то я прочитал, что причиной этой болезни является не вирус, а "неправильный" белок... тогда почему вы считаете, что такие "неправильные" белки не могут образоваться в генетически модифицированных растениях или животных?" -
значит, для подробного и понятного ответа мне пришлось бы начать с учебника ботаники для 5-6 классов и дать краткое изложение всего курса школьной биологии до 11-го класса включительно, где про гены, хромосомы, теорию эволюции и экологию. Это я не в шутку юмора и не в наДсмешку - ваш вопрос, имхо, примерно то же, как если бы я, не зная физики, попросил объяснить, как можно использовать черную дыру для путешествий во времени.
В качестве полумеры могу предложить зайти на http://www.cbio.ru/ и набрать в окошке поиска "безопасность ГМО" - получится, правда, штук 30 и некоторые случайно, но в целом можно разобраться в проблеме.